digilib@itb.ac.id +62 812 2508 8800

Nimotuzumab merupakan suatu antibodi monoklonal (mAb) humanized yang penggunaannya lebih menguntungkan bila dibandingkan dengan mAb lain pentarget EGFR karena tidak menimbulkan efek samping seperti ruam kulit. Penggunaan bersamaan dengan terapi radiasi terbukti dapat meningkatkan efek terapi, oleh karena itu nimotuzumab banyak dikembangkan sebagai radiofarmaka terapi. Dalam penyiapannya, nimotuzumab sering dikondisikan dalam berbagai lingkungan dengan variasi pH, temperatur dan kehadiran senyawa lain. Dalam penelitian ini telah dilakukan simulasi dinamika molekul untuk mempelajari struktur nimotuzumab dalam berbagai variasi temperatur dan dilakukan simulasi steered molecular dynamics (SMD) untuk mempelajari kestabilan nimotuzumab akibat adanya gaya luar. Simulasi dilakukan dengan menggunakan program not just another molecular dynamic (NAMD) dan analisis dilakukan dengan program visual molecular dynamics (VMD). Dari hasil analisis Root Mean Square Displacement (RMSD) pada rentang waktu simulasi dinamika molekul selama 900 ps, didapatkan nilai RMSD pada temperatur 277 K, 310 K, 353 K dan 373 K yaitu berturut-turut sebesar 2,37; 2,50; 2,46 dan 2,53. Analisis kestabilan per residu pada rantai berat menunjukkan bahwa pada daerah sisi aktif CDR3 (Complementarity Determining Region) yaitu pada residu bernomor 98 (triptofan) dan 99 (fenil alanin) terjadi perubahan konformasi yang paling besar. Pada rantai ringan perubahan terjadi pada residu nomor 1 (aspartat), 127 (serin), dan nomor 186 (tirosin), yang mana ketiganya tidak termasuk dalam daerah sisi aktif atau CDRs dari rantai ringan nimotuzumab. Simulasi steered molecular dynamics (SMD) dilakukan dengan mengerjakan gaya luar pada ujung C-terminal rantai berat sedangkan ujung N-terminal dibuat tetap. Penarikan dilakukan dengan kecepatan konstan sebesar 0,5 Å/ps. Didapatkan puncak gaya yang timbul pada saat dimulainya proses unfolding adalah sebesar 1226 pN. ii Gaya sebesar ini diduga diakibatkan oleh putusnya ikatan hidrogen antara residu VAL211 rantai berat dan residu TYR 194 rantai berat.