Nimotuzumab merupakan suatu antibodi monoklonal (mAb) humanized yang
penggunaannya lebih menguntungkan bila dibandingkan dengan mAb lain pentarget
EGFR karena tidak menimbulkan efek samping seperti ruam kulit. Penggunaan
bersamaan dengan terapi radiasi terbukti dapat meningkatkan efek terapi, oleh karena
itu nimotuzumab banyak dikembangkan sebagai radiofarmaka terapi. Dalam
penyiapannya, nimotuzumab sering dikondisikan dalam berbagai lingkungan dengan
variasi pH, temperatur dan kehadiran senyawa lain. Dalam penelitian ini telah
dilakukan simulasi dinamika molekul untuk mempelajari struktur nimotuzumab
dalam berbagai variasi temperatur dan dilakukan simulasi steered molecular
dynamics (SMD) untuk mempelajari kestabilan nimotuzumab akibat adanya gaya
luar. Simulasi dilakukan dengan menggunakan program not just another molecular
dynamic (NAMD) dan analisis dilakukan dengan program visual molecular dynamics
(VMD). Dari hasil analisis Root Mean Square Displacement (RMSD) pada rentang
waktu simulasi dinamika molekul selama 900 ps, didapatkan nilai RMSD pada
temperatur 277 K, 310 K, 353 K dan 373 K yaitu berturut-turut sebesar 2,37; 2,50;
2,46 dan 2,53. Analisis kestabilan per residu pada rantai berat menunjukkan bahwa
pada daerah sisi aktif CDR3 (Complementarity Determining Region) yaitu pada
residu bernomor 98 (triptofan) dan 99 (fenil alanin) terjadi perubahan konformasi
yang paling besar. Pada rantai ringan perubahan terjadi pada residu nomor 1
(aspartat), 127 (serin), dan nomor 186 (tirosin), yang mana ketiganya tidak termasuk
dalam daerah sisi aktif atau CDRs dari rantai ringan nimotuzumab.
Simulasi steered molecular dynamics (SMD) dilakukan dengan mengerjakan gaya
luar pada ujung C-terminal rantai berat sedangkan ujung N-terminal dibuat tetap.
Penarikan dilakukan dengan kecepatan konstan sebesar 0,5 Å/ps. Didapatkan puncak
gaya yang timbul pada saat dimulainya proses unfolding adalah sebesar 1226 pN.
ii
Gaya sebesar ini diduga diakibatkan oleh putusnya ikatan hidrogen antara residu
VAL211 rantai berat dan residu TYR 194 rantai berat.