Perpustakaan Digital ITB

DNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA. Tiga aktivitas yang umumnya dimiliki oleh enzim ini yaitu polimerase 5'-43', eksonuklease 5'--,,,3' clan eksonuklease 3'--,5', masing-masing terletak pada domain yang berbeda. Secara berurut aktivitas polimerase terletak pada domain terminal-C, disusul aktivitas 3'--i5' pada domain tengah clan aktivitas 5'-~3' pada domain terminal-N. Informasi mengenai komposisi (urutan) asam amino pada daerah terminal-C penting untuk studi struktur-fungsi yang berkaitan dengan aktivitas polimerisasi. Untuk mempelajari urutan asam amino di daerah terminal-C telah dilakukan studi homologi daerah tersebut dari berbagai macam enzim DNA polimerase. Berdasarkan informasi urutan asam amino dari "GenBank" terdapat 2 buah daerah urutan lestari, DPNLQNIP clan QVHDELL, yang berjarak _+ 200 asam amino pada daerah terminal-C enzim ini. Sepasang primer telah dirancang clan disintesis untuk mengamplifikasi fragmen DNA pada daerah di atas. Dua belas dari 14 sampel DNA mikroba telah berhasil diamplifikasi oleh pasangan primer FP1-PURI menghasilkan fragmen 0,6 kb. Fragmen ini telah diklon pada vektor pGEM-T dengan sel inang Escherichia coli JM 109. Analisis restriksi plasmid rekombinan dari berbagai transforman menyarankan bahwa plasmid pGEM-T telah mengandung sisipan fragmen DNA. Analisis lebih lanjut dengan cara penentuan urutan nukleoticla telah diperolelm semua urutan DNA yang teramplifikasi dengan panjang antara 639 hingga 645 pasang basa clan in frame dengan urutan DNA polimerase terpublikasi. Analisis inscripto translation clan komparasi urutan asam amino menyarankan bahwa urutan asam amino antara dua daerah lestari dari kedua belas sampel relatif berbeda clan beberapa di antaranya terdapat persamaan. Satu dari 3 asam amino bermuatan negatif yang diduga berperan penting dalam reaksi polimerisasi clan juga ditemukan lestari pada daerah terminal-C dari 12 sampel mikroba dalam penelitian ini. Pembandingan dengan data terpublikasi pada daerah yang sama dari organisme lain menyarankan bahwa untuk genus organisme yang sama memiliki pola urutan asam amino yang mirip.