Perpustakaan Digital ITB

Mikroorganisme halofil memiliki ketahanan pada kondisi lingkungan dengan kadar garam yang tinggi. Salah satu organisme tersebut adalah bakteri Halothermotrix orenii. Pada penelitian ini, akan dipelajari bagaimana protein yang diisolasi dari bakteri dapat tahan pada konsentrasi garam tinggi. Protein yang dipilih sebagai objek utama dalam penelitian ini adalah alpha-amylase A (Amy A). Pendekatan dinamika molekul digunakan untuk menjelaskan faktor utama yang mempengaruhi stabilitas Amy A pada berbagai konsentrasi garam. Sebagai pembanding dipilih alpha-amylase dari Pseudomonas stutzeri. Simulasi dinamika molekul baik untuk protein halofil dan mesofil dilakukan pada dua kondisi garam, yaitu 0 M dan 3 M. Untuk setiap kondisi dilakukan pada suhu 300 K dan 400 K. Hasil simulasi pada suhu 300 K untuk kedua protein menunjukan adanya perbedaan profil RMSD yang cukup mencolok. Pada dua kondisi konsentrasi garam, nilai RMSD untuk α-amilase halofil terlihat adanya perbedaan. Namun, untuk alpha-amilase mesofil hampir tidak ada perbedaan. Hasil ini diperjelas lagi dengan simulasi pada 400 K yang menunjukan adanya perbedaan yang cukup besar dari profil RMSD untuk protein halofil, sedangkan untuk protein mesofil masih tidak ada perbedaan dengan hasil sebelumnya. Analisis solvent accessible surface area (SASA) untuk residu non-polar menunjukan adanya perluasan permukaan pada protein halofil pada kondisi NaCl 0M dengan suhu 400 K. Sebaliknya, untuk protein halofil luas permukaan non-polar pada berbagai kondisi garam dan suhu relatif sama. Analisis lanjut hasil simulasi untuk protein alpha-amilase halofil pada 0 M NaCl didapatkan faktor penyebab yang dapat mempengaruhi kestabilan dari protein tersebut. Pergerakan rantai koil antara domain A dan B pada protein halofil merupakan faktor yang menyebabkan ketidakstabilan dari konformasi protein ini. Peristiwa ini terjadi karena adanya gaya tolak-menolak elektrostatik antara residu yang bermuatan sama, yaitu antara Lys166 dengan Lys169. Interaksi antara Asp162-Arg174-Glu167 juga merupakan salah satu faktor kuat yang membuat koil tidak dapat kembali ke posisi semula. Oleh karena itu, simulasi ini dapat menunjukan pengaruh salinitas terhadap konformasi alpha-amilase.