Perpustakaan Digital ITB

Xilanase merupakan enzim yang memecah ikatan ?-1,4 glikosidik secara acak pada polimer xilan menjadi xilosa dan xilo-oligosakarida (XOS). Xilan merupakan komponen utama hemiselulosa, biomassa terbesar di bumi sehingga xilanase telah diaplikasikan secara luas pada industri makanan, bahan bakar, pakan ternak, dan kertas. Pada penelitian sebelumnya, telah diperoleh gen pengode xilanase keluarga GH43 (xil43) dari genom Bacillus amyloliquefaciens ABBD berukuran 1488 pb. Tujuan penelitian ini adalah mengonstruksi plasmid rekombinan pET-16b-xil43 dan mengekspresikan gen xil43 dalam Escherichia coli. Untuk mencapai tujuan penelitian, xil43 hasil penelitian sebelumnya diamplikasi untuk menambahkan sisi pemotongan enzim yang kompatibel dengan vektor ekspresi. Tahap berikutnya adalah perbanyakan xil43 yang telah ditambah sisi pemotongan enzim melalui proses kloning dan hasilnya dikonfirmasi dengan PCR koloni, analisis restriksi, dan penentuan urutan nukleotida. Tahap selanjutnya adalah subkloning xil43-sisi restriksi dengan vektor ekspresi pET-16b dan hasilnya dikarakterisasi dengan PCR koloni dan penentuan urutan nukleotida. Proses selanjutnya adalah ekspresi pET-16b-xil43 dalam sel E. coli ArcticExpress (DE3) dan pemurnian xilanase GH43. Perbanyakan xil43-sisi restriksi berhasil dilakukan dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan suhu optimum penempelan primer sebesar 46,7 ?C dan urutan nukleotidanya juga telah sesuai dengan database. Hasil ini selanjutnya disubkloning dengan plasmid pET16b-xil43 menghasilkan plasmid rekombinan pET16b-xil43. Urutan nukleotida xil43 yang ada pada pET16b-xil43 juga sesuai database. pET16b-xil43 ini juga telah berhasil digunakan untuk mentransformasi E. coli ArcticExpress (DE3). Ekspresi pET16b-xil43 dengan induser 0,1 mM IPTG pada suhu 10 0C selama 16–18 jam menghasilkan pita tebal berukuran 54,8 kDa pada elektroferogram SDS-PAGE. Larutan ekstrak kasar dari hasil lisis (bagian terlarut) sel E. coli ArcticExpress (DE3)-pET16b-xil43 juga memiliki aktivitas xilanase menggunakan 1% (b/v) xilan dari beechwood dengan aktivitas spesifik sebesar 0,379±0,003 U/mg. Xilanase GH43 juga telah berhasil dimurnikan dengan kromatografi afinitas Ni-NTA menghasilkan pita tunggal pada elektroferogram SDS-PAGE.