Perpustakaan Digital ITB
Strategi konvensional pengendalian penyakit BPD yang disebabkan oleh Phytophthora palmivora adalah melalui penggunaan varietas yang resisten terhadap penyakit BPD. Secara alami, resistensi tanaman dapat disebabkan oleh regulasi ekspresi gen-gen ketahanan sebagai manifestasi dari supresi miRNA yang menginduksi RNA interference. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi miRNA T. cacao yang diregulasi secara signifikan saat terserang P. palmivora dan mentarget gen resistensi T. cacao itu sendiri. Diharapkan, pembungkaman miRNA tersebut dapat meningkatkan ekspresi gen resistensi dan membuat T. cacao lebih tahan terhadap P. palmivora. Dalam penelitian ini sampel T. cacao varietas resisten dan rentan yang terinfeksi P. palmivora dikoleksi dari perkebunan Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia, Jember, Jawa Timur masing-masing dua ulangan. small RNA diekstraksi menggunakan kit mirPremier miRNA (Sigma Aldrich, Jerman). Hasil ekstraksi miRNA didapatkan kemurnian dengan rasio A260/280 pada rentang 1,8 – 2 dengan konsentrasi 37.9 – 81.0 ng/?l. Isolat miRNA disekuensing pada platform Ilumina Novaseq 6000 (Novogen, Singapura). Hasil sekuensing miRNA menghasilkan bacaan mentah sebanyak 9 – 12 juta bacaan. Bacaan mentah dibersihkan dari adapter dan disaring pada panjang 18 – 28 bp menggunakan program Trimmomatic, sehingga diperoleh bacaan bersih sebanyak 2 – 10 juta bacaan. Bacaan bersih kemudian dipetakan ke genom T. cacao dan dikuantifikasi menggunakan package R subread. Dari penelitian ini, diperoleh 54 known miRNA dan 67 novel miRNA yang berhasil dikuantifikasi, 17 miRNA diantaranya mengalami ekspresi secara berbeda. Sembilan miRNA yang terekspresi naik dikelompokkan menarget sistem respon pertahanan tanaman dan resistensi terhadap patogen, fotosintesis, ubikitinasi protein, DNA damage checkpoint signaling dan DNA repair. Sementara 8 miRNA yang terekspresi turun dikelompokkan menarget disease-resistant genes, reseptor protein kinase, komponen dinding sel, ubiquitinasi protein, pertumbuhan biji, dan stuktur jaringan pembuluh. Kandidat miRNA dari penelitian ini diharapkan dapat digunakan dalam aplikasi represi gen yang berkaitan dengan resistensi T. cacao terhadap serangan P. palmivora melalui pendekatan teknologi molekuler.