Perpustakaan Digital ITB

Kelapa Sawit (Elaesis guineensis Jacq.) merupakan komoditas perkebunan penghasil minyak sawit yang bernilai ekonomi tinggi. Indonesia sebagai negara penghasil utama minyak sawit dunia, tidak lepas dari ancaman penyakit busuk pangkal batang (BPB) oleh Ganoderma boninense, yang telah menyebabkan penurunan produktivitas kelapa sawit di berbagai wilayah di Indonesia, termasuk Pulau Sumatera, Sulawesi dan Kalimantan. Hingga kini, belum ada upaya pengendalian yang efektif untuk mencegah penyakit BPB. Salah satu alternatif managemen pengendalian jangka panjang dapat dilakukan dengan menginduksi pembentukan tanah supresif. Tanah supresif memiliki kemampuan untuk menekan perkembangan patogen melalui kehadiran bakteri yang dapat meningkatkan kesehatan tanaman, memodulasi sistem kekebalan, dan berkompetisi dengan patogen. Pembentukan komunitas bakteri dalam tanah sangat dipengaruhi oleh arsitektur akar tanaman dan karakteristik dari tanah itu sendiri. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan struktur komunitas dan prediksi potensi fungsional antara bakteri rhizosfer pembentuk tanah supesif dan kondusif Ganoderma pada kedalaman topsoil (0 - 20 cm) dan subsoil (20 - 40 cm) serta korelasinya dengan faktor edafik yang berpengaruh. Metode penelitian dilakukan dengan studi bioinformatika secara in silico menggunakan data sekunder hasil sekuensing marka gen 16S rRNA dan data edafik tanah dengan jumlah 24 sampel. Alur penelitian diawali dengan pengontrolan kualitas sekuens menggunakan FastQC, kemudian dilanjutkan dengan analisis data pada QIIME2 yaitu proses penyaringan dan denoising sekuens menggunakan plugin DADA2, klasifikasi taksonomi menggunakan database SILVA 138 oleh PICRUSt2 dan penyejajaran sekuens dengan plugin MAFFT. Hasil dari QIIME2 kemudian divisualisasikan dan diuji secara statistik menggunakan Genepiper. Terakhir, faktor edafik dan kelimpahan bakteri dianalisis dengan Principal Component Analysis (PCA) dan plot korelasi Pearson menggunakan RStudio dan XLSTAT. Hasil pengontrolan kualitas sekuens pada Phred score diatas 27 menyisakan 55,216% bacaan sekuens dari total awal 217.224. Hasil analisis diversitas alfa (p-value < 0,05) menunjukkan sampel tanah supresif subosil secara umum memiliki keanekaragaman komunitas tertinggi. Analisis diversitas beta dengan pendekatan Bray-Curtis dan Weighted Unifrac menunjukkan adanya pengelompokan sampel tanah berdasarkan pulau yang disebabkan karena karakteristik edafik yang mirip diantara pulau. Bakteri yang ditemukan berpotensi sebagai agen pembentuk tanah supresif diantaranya Acidothermus, Burkholderia, Reyranella, Streptomycetaceae, Rokubacter, Bryobacter, Alphaproteobacteria, Rhizobiales dan Bradyrhizobium. Analisis prediksi fungsional menunjukkan adanya potensi metabolit dari bakteri pembentuk tanah supresif yaitu sintesis antimikroba, antibiotik, antifungi, enzim pertahanan tanaman dan respon imun spesifik. Sedangkan pada tanah kondusif ditemukan jalur yang berkaitan dengan resintensi antimikroba dan sintesis aflatoxin. Hasil analisis faktor edafik dengan PCA menunjukkan kelimpahan bakteri menyebar berdasarkan faktor edafik yang paling berpengaruh. Sedangkan plot korelasi Pearson dapat menunjukkan korelasi antara setiap faktor edafik dan kelimpahan dari bakteri pembentuk tanah supresif. Faktor edafik pH yang rendah dan tekstur tanah liat berperan meningkatkan insiden BPB. Sedangkan peningkatan nutrien tanah berkontribusi menurunkan insiden BPB. Berdasarkan penelitian ini, dapat disimpulkan bahwa komunitas bakteri pembentuk tanah supresif memiliki keanekaragaman yang lebih tinggi dibandingkan dengan tanah kondusif dan ditemukan potensi fungsional bakteri supresif yang mampu menekan kehadiran Ganoderma pada berbagai kondisi edafik yang sesuai.