Perpustakaan Digital ITB

Streptococcus pneumoniae serogrup 6 yang terdiri atas serotipe 6A, 6B, 6C, 6D, 6E, 6F, dan 6G adalah salah satu serogrup utama penyebab invasive pneumococcal disease (IPD) di dunia. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa serogrup 6 merupakan serogrup yang dominan di Indonesia. Akan tetapi, hingga saat ini belum ada penelitian mengenai prevalensi serotipe S. pneumoniae serogrup 6 di Indonesia, padahal data tersebut diperlukan dalam implementasi program vaksinasi pneumococcal nasional. Selama ini penentuan serotipe (serotyping) serogrup 6 dilakukan dengan metode PCR yang digabungkan dengan sekuensing sehingga masih kurang efisien. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan mengembangkan metode serotyping alternatif S. pneumoniae serogroup 6 sehingga dapat digunakan untuk menentukan prevalensinya di Indonesia. Dalam studi ini digunakan 82 koleksi isolat S. pneumoniae serogrup 6 di Lembaga Eijkman. Serotyping dilakukan dengan metode PCR untuk memisahkan serotipe 6A/6B dari serotipe 6C/6D. Kemudian, setiap serotipe dipisahkan dengan enzim BsmAI (sisi pengenalan: 5’ GTCTCN 3’) yang secara spesifik akan memotong daerah wciP serotipe 6B dan 6D. Hasil restriksi dikonfirmasi dengan metode sekuensing. Selanjutnya, digunakan metode PCR untuk memisahkan serotipe 6E dari serotipe 6A serta serotipe 6F/6G dari serotipe 6C dan 6D. Berdasarkan hasil penelitian, seluruh hasil yang diperoleh dari metode restriksi sesuai dengan hasil sekuensing. Hasil restriksi gen wciP seluruh serotipe 6B dan 6D menghasilkan pita DNA sebesar 120 bp, sedangkan restriksi tidak terjadi pada seluruh serotipe 6A dan 6C. Gabungan hasil PCR dan restriksi secara akurat berhasil mengidentifikasi 37 isolat sebagai serotipe 6A, 37 isolat serotipe 6B, 7 isolat serotipe 6C, dan 1 isolat serotipe 6E. Namun, tidak ditemukan serotipe 6D, 6F, dan 6G. Dengan demikian, serotipe 6A dan 6B merupakan serotipe S. pneumoniae serogrup 6 yang dominan di Indonesia dan enzim BsmAI dapat digunakan secara efektif dan efisien untuk serotyping S. pneumoniae serogrup 6.