Perpustakaan Digital ITB

Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) merupakan salah satu komoditas utama penghasil minyak nabati di dunia. Di tahun 2016, produksi minyak kelapa sawit di Indonesia mencapai 34.5 juta ton/tahun dan diperkirakan dapat mencapai 40 juta ton/tahun pada tahun 2020. Persilangan secara konvensional pada kelapa sawit telah dilakukan untuk mendapatkan bibit unggul dengan karakter pertambahan tinggi batang kurang dari 30 cm/tahun, sehingga memudahkan proses pemanenan buah kelapa sawit. Namun, persilangan secara konvensional tidak cukup efektif diterapkan, karena kelapa sawit merupakan spesies parenial. Penanda molekuler seperti SSR dan SNP merupakan contoh pendekatan molekuler yang dapat digunakan untuk seleksi dini individu kelapa sawit hasil persilangan. Penelitian ini dilakukan untuk memvalidasi 16 marka molekuler berupa SSR dan SNP yang telah diidentifikasi berkaitan dengan karakter tinggi batang kelapa sawit dan untuk mendeteksi perubahan basa nukleotida 7 SNP yang telah berhasil diidentifikasi. Sampel yang digunakan merupakan populasi kelapa sawit dengan beberapa varietas yang berbeda. Metode penelitian dilakukan dengan analisa fenotip dan genotip. Analisa fenotip dilakukan dengan pengukuran tinggi batang dan pertambahan tinggi batang kelapa sawit yang tersebar pada tiga kelompok populasi. Kemudian dipilih total 200 individu dengan rincian 100 individu dengan karakter batang tinggi dan 100 individu dengan karakter batang rendah. Analisa genotip untuk validasi SSR dilakukan dengan fragmen analisis, sedangkan untuk validasi SNP dilakukan dengan metode rhAmp qPCR. Data fenotip dan genotip selanjutnya diuji statistik untuk mengetahui terdapat perbedaan nyata atau tidak pada populasi yang diuji. Deteksi SNP dilakukan dengan metode sequencing kemudian di blast pada website genomsawit.mbop.go.my. Berdasarkan hasil analisa statistik dengan uji Kruskal Wallis, terdapat 4 SSR (mEgCIR1716, mEgCIR3362, mEgCIR3655, mEgCIR3534) yang menunjukkan perbedaan yang signifikan (Sig. < 0.005) pada populasi yang diuji, sehingga dapat disimpulkan keempat SSR tersebut dapat dijadikan kandidat penanda molekuler untuk karakter tinggi batang kelapa sawit. Berdasarkan hasil analisa sequencing diperoleh 3 SNP yang menunjukkan perubahan basa nukleotida pada populasi yang diuji yaitu EgSNPGBS16706 dengan substitusi basa nukleotida A/T, EgSNPGBS17400 substitusi basa nukleotida C/T dan EgSNPGBS16523 substitusi basa nukleotida G/A. Hasil ini dapat dijadikan referensi penelitian selanjutnya untuk validasi SNP pada populasi yang diuji. Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa terdapat 4 SSR dan 3 SNP yang terkait dengan karakter tinggi tanaman kelapa sawit dan dapat digunakan sebagai penanda molekuler untuk seleksi karakter tinggi tanaman kelapa sawit.