Perpustakaan Digital ITB

Mikroalga memiliki berbagai manfaat seperti sebagai sumber nutrisi, pemanfaatan biosilika, bahan baku biodiesel, biopigmen untuk aplikasi komersial, selain itu mikroalga merupakan parameter tingkat kesuburan suatu perairan. Indonesia merupakan Negara kepulauan dan terletak pada daerah tropis, maka Indonesia memiliki keberagaman jenis mikroalga laut yang sangat besar. Jenis- jenis mikroalga yang bermacam-macam memiliki potensi yang berbeda- beda. Mikroalga dikenal sebagai spesies kriptik sehingga deteksi secara morfologi saja tidak cukup akurat karena kemiripan yang tinggi antar spesies. Deteksi secara genetik lebih menjanjikan untuk membedakan keberagaman mikroalga di tingkat spesies. SNP (Single Nucleotide Polymorphism) merupakan variasi basa tunggal antar individu hasil dari mutasi titik dalam genom. Variasi tersebut berbeda antar spesies atau genus, sehingga dapat digunakan sebagai penanda genetika. Tujuan dari penelitian ini adalah: (i) menumbuhkan sampel mikroalga laut yang diperoleh dari perairan Teluk Lampung, Indonesia, dan (ii) mengembangkan penanda genetik berbasis SNP untuk identifikasi mikroalga dengan menggunakan data gen rbcL yang tersimpan pada basis data Internasional. Sel tunggal sampel mikroalga ditumbuhkan dalam medium f/2 dan morfologi sel diamati di bawah mikroskop cahaya untuk identifikasi. Sampel mikroalga laut dengan kode A1 memiliki kemiripan dengan Skeletonema sp. sedangkan kode A6 dengan Cyclotella sp. Pengembangan penanda genetik dilakukan dengan : (i) mengunduh data gen rbcL mikroalga dari basis data publik (NCBI, EMBL_EBI, dan DDBJ), (ii) mengorganisasi data gen rbcL berdasarkan genus, spesies, dan panjang fragmen, (iii) melakukan penyejajaran gen-gen rbcL dengan program Clustal W, (iv) menemukan SNP-SNP yang bersifat diagnostik sebagai penanda spesies dan genus. Hasil pengunduhan data diperoleh urutan gen rbcL dari 246 spesies yang tergabung dalam 94 genus mikrolaga. Analisis data gen rbcL memberikan SNP-SNP diagnostik yang potensial untuk pengidentifikasi 61 genus mikroalga, dan pengidentifikasi spesies-spesies dalam satu genus. Sampel mikroalga A6 dapat diidentifikasi lebih lanjut ke tingkat spesies dengan menggunakan SNP diagnostik intra genus Cyclotella (antar spesies : bodanica, atomus, cryptica, choctawhatcheena, costei, cf.ocellata, dan cf. comensis) pada posisi basa 750, 768, 780, 792, 816, 828, 831, 840, 877, dan 885. Sementara sampel A1 menggunakan SNP diagnostik intra genus Skeletonema (antar spesies ; potamos, pseudocostatum, japonicum, menzellii, subsalsum, grethae, costatum, tropicum, marinoi, grevillea, dohrnii, dan ardens) pada posisi basa 399, 423, 465, 478, 480, 486, 492, 507, 528, 531, 540, 582, 687, dan 930.