Perpustakaan Digital ITB

Tanaman kale (Brassica oleracea L.) merupakan salah satu jenis tanaman yang diketahui memiliki kandungan asam oksalat terukur didalamnya. Asam oksalat (C2H2O4) sendiri merupakan senyawa yang umum ditemukan pada tumbuhan dan diketahui memiliki efek toksik ketika dikonsumsi oleh manusia. Diduga efek toksik pada asam oksalat dapat diatasi dengan cara mengurai senyawa tersebut menjadi senyawa turunan yang tidak berbahaya. Salah satu enzim yang diketahui dapat mengurai asam oksalat adalah oksalat dekarboksilase. Pada penelitian ini dilakukan isolasi dan studi ekspresi gen pengkode oksalat dekarboksilase (OXDC) dari jamur Flammulina velutipes yang khusus dibudidayakan untuk tujuan produksi (komersial). Penelitian dimulai dengan pengkulturan jamur pada media tumbuh yang dilanjutkan dengan penginduksian ekspresi gen melalui pemberian asam oksalat. Optimasi waktu pengkulturan menunjukkan gen OXDC telah dapat diisolasi dari mRNA jamur pada masa pengkulturan satu minggu. Hasil amplifikasi gen menggunakan primer spesifik forward dan reverse pada DNA genomik dan cDNA F. velutipes sebagai cetakan dengan metode PCR masing-masing menghasilkan produk sebesar 2252 bp dan 1344 bp. Hasil amplifikasi kemudian disekuensing dan dianalisis dengan menggunakan program BLASTN dari situs NCBI yang masing-masing menunjukkan nilai identity sebesar 98% dan 99%. Penjajaran urutan nukleotida dari hasil amplifikasi DNA genomik dan cDNA tersebut menunjukkan jumlah ekson sebanyak 18 dan intron sebanyak 17. Analisis hasil translasi menggunakan program ExPASy-Translate tool untuk memprediksi urutan protein menunjukkan open reading frame berukuran 447 asam amino dan nilai identity melalui analisis BLASTP sebesar 100%. Analisis struktur protein menggunakan program CDD dan CDART menunjukkan adanya dua domain utama yang tergolong ke dalam kelompok cupin superfamili dan diprediksi memiliki fungsi enzimatik. Analisis lain pada struktur protein juga memperlihatkan adanya motif sinyal peptida pada bagian N-terminus yang mengindikasikan perannya pada jalur sekresi protein. Berdasarkan hasil-hasil yang didapat, disimpulkan bahwa jamur F. velutipes komersial hasil budidaya terbukti memiliki gen oksalat dekarboksilase (OXDC) pada genomnya dan gen tersebut masih dapat diekspresikan melalui metode pengkulturan dan penginduksian yang tepat.