Perpustakaan Digital ITB

Penemuan terbaru menyebutkan adanya bakteri yang mampu melakukan dua tahap nitrifikasi sekaligus, disebut sebagai comammox (complete ammonia oxidizer). Mengetahui kelimpahan comammox dapat memberikan gambaran mengenai perannya di lingkungan dan hubungannya dengan bakteri nitrifikasi lain. Selain itu kultivasi comammox juga akan memudahkan studi karakteristik fisiologisnya. Data metagenomik menunjukkan mikroorganisme tanah perkebunan kelapa sawit PT Astra Agro Lestari didominasi oleh bakteri nitrifikasi. Diduga comammox juga berperan pada proses nitrifikasi di sana. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi kelimpahan dan mengisolasi bakteri comammox pada tanah perkebunan PT Astra Agro Lestari. Kuantifikasi dilakukan dengan qPCR absolut menggunakan marka gen ammonia monooxygenase subunit A (amoA). Deteksi keberadaan comammox dilakukan dengan PCR, menggunakan primer spesifik amoA comammox pada sampel tanah perkebunan PT Astra Agro Lestari. Dari hasil PCR terdeteksi 7 pita berukuran 250bp-750bp yang kemudian disisipkan pada plasmid pGEM-T Easy dan ditransformasikan pada E. coli DH5α. Hasil sekuensing menunjukkan 2 dari 7 pita positif DNA amoA comammox. Dari hasil sekuensing dibuat primer spesifik untuk qPCR dan plasmid hasil kloning digunakan untuk membuat kurva standar qPCR dengan dilusi 101-1010. Dari 23 sampel tanah yang dikuantifikasi, 16 terdeteksi adanya comammox dengan kelimpahan tertinggi pada kode tanah PSKY-OB22 yaitu 1.17x108 copies/μl dan terendah TPP-OA3 yaitu 1.56 copies/ μl. Data karakteristik tanah seperti pH, kandungan mineral, dan C/N rasio tanah dianalisis PCA terhadap kelimpahan bakteri menggunakan program XLSTAT, dan menunjukkan bahwa kelimpahan tertinggi ada pada tanah dengan kandungan mineral tinggi dan terendah pada tanah yang cenderung berpasir. Penelitian dilanjutkan dengan mengisolasi bakteri pada medium garam mineral serta dilakukan uji lanjutan seperti pewarnaan Gram dan uji ammonium-nitrat. Didapatkan 1 dari 10 isolat memiliki karakteristik mirip comammox yaitu Gram negatif, selnya berbentuk batang, terdeteksi pita DNA untuk amoA dan nxrB, serta mampu menggunakan ammonium dan mengakumulasi nitrat dalam skala laboratorium. Dari penelitian dapat disimpulkan bahwa comammox turut berperan pada nitrifikasi di tanah perkebunan PT Astra Agro Lestari, kelimpahannya cukup tinggi dan dipengaruhi oleh karakteristik tanah, serta comammox mungkin untuk dikultivasi.