Sisa produksi lipid dan biopigmen dari diatom Nitzschia closterium adalah dinding sel yang tersusun atas biosilika yang biasa disebut frustul. Frustul diatom memiliki struktur berpori skala nano sehingga berpotensi untuk digunakan sebagai bahan matriks untuk kolom pemisahan protein. Penelitian ini bertujuan untuk membuat matriks kolom pemisahan protein dari frustul N. closterium. Tahap-tahap penelitian meliputi isolasi frustul yang dilakukan dengan pencucian biomassa menggunakan HCl dan pemanggangan pada 700 ºC, identifikasi morfologi dan komposisi frustul menggunakan mikroskop elektron pemindai-spektroskopi pemancar energi (SEM-EDS), dan pemisahan campuran protein (lisozim dan BSA) menggunakan matriks kolom frustul biosilika. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kadar frustul yang diperoleh dari biomassa basah N. closterium adalah 7,25±0,61%. Frustul N. closterium berbentuk mirip jarum dengan pori yang berukuran 20–30 nm. Kandungan SiO2 dalam frustul sebesar 73,66% (w/w). Pemisahan campuran protein lisozim dan BSA dengan kolom kromatografi berbasis matriks biosilika frustul dapat digunakan untuk memisahkan campuran lisozim dan BSA menghasilkan dua fraksi (no. 19 dan 30). Hasil analisis SDS-PAGE terhadap fraksi yang didapat menunjukkan terdapat satu pita protein berukuran 66 kDa yang mengindikasikan BSA pada fraksi 19, sedangkan pada fraksi 30 tidak ditemukan pita protein. Hasil ini menunjukkan bahwa frustul dari N. closterium dapat diaplikasikan sebagai matriks untuk kolom kromatografi.