Secara Geologi daerah Gunung Mangkalihat merupakan daerah yang memiliki penyebaran batugamping yang cukup luas dan menarik untuk dipelajari termasuk didalamnya mengenai produk diagenesisnya. Daerah penelitian terletak pada 50N 696.000m-701.000m dan 101.000m-106.000m, berada pada kabupaten Kutai Timur, Kalimantan Timur dengan luas 25 km2 (5 km x 5 km) Geomorfologi daerah penelitian memiliki bentukan perbukitan, dataran dan lembahan serta terdapat juga kelurusan sungai dan pola aliran sungai yang berpola sebagai pengaruh dari struktur dan litologi pada daerah penelitian. Satuan geomorfologi pada daerah ini terdiri dari 3 satuan, yaitu: Satuan Perbukitan Karst, Satuan Dataran Tinggi Karst, dan Satuan Lembah Homoklin. Stratigrafi daerah penelitian dari tua ke muda tersusun atas tiga satuan tidak resmi, yaitu: Satuan Batugamping Terumbu yang memiliki ciri litologi batugamping putih kekuningan dengan komponen foram besar yang disetarakan dengan Formasi Lembak, Satuan Batugamping Kalkarenit yang cirinya adalah batugamping yang berselingan dengan napal yang berumur pliosen dan disetarakan dengan Formasi Golok dan Satuan napal yang bercirikan litologi napal dan berumur pliosen yang memiliki hubungan menjari dengan Satuan Batugamping Kalkarenit dan disetarakan dengan Formasi Golok. Endapan Aluvial terdapat pada daerah ini namun tidak dapat terpetakan. Struktur Geologi pada daerah penelitian berupa sesar naik dan sesar mendatar. terdapat Sesar Naik Gunung Mangkalihat, Sesar Mendatar Gunung Mangkalihat, dan Sesar Mendatar KM-31. Sesar-sesar tersebut terbentuk karena adanya proses deformasi yang berumur Plio-Pleistosen Produk diagenesis batugamping pada daerah penelitian yang dapat dianalisis dari sayatan tipis batugamping, terdiri dari mikritisasi mikrobial, pelarutan, sementasi, dan neumorfisme. Dari produk-produk tersebut maka dapat disimpulkan bahwa lingkungan diagenesis batugamping ini terdiri dari 3 lingkungan, yaitu: marine phreatic, meteoric phreatic, dan meteoric vadose.