Perpustakaan Digital ITB

Sortase memiliki peran dalam ekspresi protein membran pada bakteri Gram-positif. Protein yang diekspresi memiliki beragam fungsi, terutama terkait pengaruhnya terhadap virulensi mikroorganisme patogenik. Terdapat banyak jenis sortase (A – F), masing-masing memiliki karakteristik dan fungsi fisiologis yang berbeda. Sortase A dari Staphylococcus aureus telah banyak dipelajari dan memberi gambaran mengenai cara kerja sortase. Mekanisme reaksi enzimatis oleh sortase mengikuti mekanisme protease sistein dengan triad katalitik berupa sistein, histidin, dan arginin. Sortase jenis F memiliki fungsi dan mekanisme yang mirip dengan sortase jenis A, namun dapat menjalankan fungsinya tanpa ion kofaktor Ca2+. Rossellomorea aquimaris memiliki sortase jenis D dan F. Gen sortase D pada R. aquimaris sudah banyak dikaji, sedangkan penelitian terhadap sortase jenis F masih sedikit dan fungsi fisiologisnya belum konklusif. Penelitian ini dilakukan untuk memberikan penjelasan terkait struktur sortase F pada R. aquimaris MKSC 6.2 menggunakan analisis bioinformatika, serta mengembangkan metode untuk mengisolasi dan memperbanyak gen pengode protein tersebut (srtF). Hasil analisis menunjukkan terdapatnya dua jenis sortase F yang berbeda pada R. aquimaris, diberi nama sortase F 5T_A dan 5T_B. Kedua protein tersebut memiliki peptida sinyal (berperan dalam sekresi dan penempatan protein transmembran) yang berbeda dan sortase F 5T_B memiliki domain N-terminal, kedua hal tersebut berpotensi menentukan peran fisiologis masing-masing jenis sortase F. Berdasarkan hasil analisis bioinformatika, primer terdegenerasi dirancang dari urutan asam amino domain katalitik terkonservasi. Amplifikasi genom dengan primer ini menghasilkan fragmen berukuran 222 pb. Fragmen ini lalu diligasikan ke vektor kloning pGEM-T Easy dan ditentukan urutan nukelotidanya. Elektroferogram hasil sekuensing tidak menunjukkan urutan nukleotida yang sesuai dengan urutan nukleotida gen pengode sortase F. Disimpulkan primer terdegenerasi sortase F yang dibuat berdasarkan domain katalitik terkonservasi tidak menghasilkan fragmen DNA yang diinginkan, sehingga dilakukan desain primer baru berbasis sekuens lengkap gen pengode sortase F 5T_B.