Perpustakaan Digital ITB

Pandemi COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah menjadi isu kesehatan global sejak Desember 2019. Beberapa penelitian telah dilakukan untuk mengembangkan senyawa antivirus dan obat-obatan yang dapat mencegah COVID-19. Transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) menjadi salah satu target pengembangan senyawa obat karena berperan penting dalam proses infeksi SARS-CoV-2. TMPRSS2 membantu proses aktivasi protein Spike SARS-CoV-2 sehingga dapat berfusi dengan membran sel. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan seleksi dan menentukan mekanisme inhibisi kandidat inhibitor potensial TMPRSS2 dari 48 senyawa turunan amida aromatik dan ester aromatik. Struktur TMPRSS2 diprediksi dengan menggunakan I-TASSER dan dilakukan perbaikan model menggunakan MolProbity. Kualitas model protein divalidasi pada struktur 3D. Kemudian dilakukan simulasi molecular docking antara model protein dengan senyawa uji dan senyawa kontrol menggunakan AutoDock Vina. Interaksi senyawa dengan model protein dianalisis dengan menggunakan LigPlot+ dan divisualisasikan dengan PyMol. Berdasarkan hasil penelitian, senyawa A10, D10 dan A6 merupakan kandidat inhibitor TMPRSS2 terbaik dengan nilai docking score berturut-turut sebesar -7,3 kkal/mol, -7,3 kkal/mol dan -7,1 kkal/mol. Mekanisme inhibisi oleh ketiga senyawa tersebut terjadi melalui interaksi dengan residu Ser441 pada domain serin protease TMPRSS2. Penelitian ini menunjukkan bahwa simulasi molecular docking dapat memperlihatkan interaksi antara senyawa uji dan TMPRSS2 hingga tingkat atomik.