Cabai rawit (Capsicum annuum L. var annuum) merupakan salah satu komoditas yang penting terutama sebagai bahan pangan. Di Indonesia, kebutuhan cabai rawit memiliki trend yang meningkat sehingga mendorong peningkatan kebutuhan akan bibit cabai unggul. Produksi bibit unggul bersifat homozigot telah dilakukan oleh Supena (2006) melalui teknologi double haploid dalam kondisi aseptik. Produksi tanaman cabai double haploid dilakukan di wadah bervolume kecil yang apabila digunakan untuk produksi massal akan memakan cukup biaya produksi. Salah satu cara untuk scalling up produksi tanaman adalah menggunakan bioreaktor Twin-flask. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi penggunaan bioreaktor Twin-flask dalam pertumbuhan dan perkembangan embrio cabai rawit. Embrio cabai rawit dikultur dalam dua sistem yakni sistem double layer dan Twin-flask. Sistem double layer digunakan sebagai kontrol. Kultur dalam sistem Twin-flask diatur dengan variasi perendaman (1) 1 menit tiap 4 jam dan (2) 1 menit tiap 8 jam. Kultur dilakukan selama 21 hari dengan kondisi pencahayaan per harinya 7 jam terang, 5 jam LED merah:biru (4:1) dan 12 jam gelap. Hasilnya menunjukkan bahwa persentase pertambahan berat basah pada sistem double layer, Twin-flask 4h dan Twin-flask 8h berturut-turut 10.2%, 67.6%, dan 55.1%, sedangkan untuk berat kering berturut-turut 12.8%, 89.6%, dan 37.1%. Penggunaan bioreaktor Twin-flask memberikan persentase pertambahan berat basah dan berat kering yang lebih tinggi dibandingkan pada sistem double layer. Perendaman 8 jam dapat mengonversi embrio bermorfologi normal menjadi planlet. Pada perendaman tiap 4 jam tidak termati adanya konversi embrio normal menjadi planlet, akan tetapi, lebih efisien dalam mengonversi medium menjadi biomassa. Perendaman tiap 4 jam dapat menjaga viabilitas pada embrio bermorfologi tidak normal dibandingkan pada perendaman tiap 8 jam. Efisiensi penggunaan medium terhadap pertambahan biomassa pada bioreaktor Twin-flask perendaman tiap 4 dan 8 jam berturut turut 1.63 dan 0.90 gram biomassa/L medium.hari. Perendaman tiap 4 jam lebih efisien dalam mengonsumsi medium. Perhitungan neraca massa dari sistem bioreaktor Twin-flask yang didekati dengan rumus biomassa akar Atropa belladonna menghasilkan nilai akhir yang lebih tinggi dibandingkan nilai biomassa aktual. Perhitungan neraca massa memiliki galat 6-40% dari nilai aktual, sehingga penggunaan persamaan biokonversi untuk pertumbuhan embrio cabai rawit perlu ditinjau ulang agar diperoleh hasil yang lebih representatif.