Perpustakaan Digital ITB

White Spot Syndrome Virus (WSSV) merupakan virus berbentuk batang yang banyak hidup di lingkungan laut dan menyerang kelompok krustasea, seperti udang. Studi menunjukkan WSSV menjadi salah satu virus penyebab kerugian ekonomi terbesar pada sektor budidaya akuakultur udang windu di Indonesia dan beberapa negara lainnya. Konstruksi bakteri penghasil dsRNA digunakan sebagai salah satu upaya dalam menangani infeksi virus WSSV pada udang. Tujuan penelitian adalah menghasilkan sekuen double stranded-RNA (dsRNA) dengan target domain protein struktural VP28 dari genom WSSV. Metode yang dilakukan adalah dengan cara menyisipkan sekuen VP28 ke dalam plasmid pET32+ beserta sekuen segmen M dari bakteriofag phi6. Pembentukan sekuen dsRNA dibantu oleh RNA dependent RNA polymerase (RdRP) yang bekerja dalam inisiasi dan elongasi sekuen dsRNA. Konstruksi plasmid pP2RE dilakukan untuk menghasilkan protein P2 yang dapat mengkatalis aktivitas RNA dependent RNA polymerase (RdRP). Sekuen P2 Replicase yang berasal dari segmen L bakteriofag phi6 disisipkan ke dalam plasmid pCOLA-Duet. Plasmid yang telah dikonstruksi kemudian ditransformasikan ke dalam bakteri Escherichia coli BL21 (DE3) menggunakan metode heatshock dengan seleksi antibiotik Ampicilyn (25?L/ml) untuk plasmid pWSRI dan Kanamycin (25 ?g/ml) untuk pP2RE. Keberhasilan transformasi dibuktikan dengan hasil elektroforesis gel agarosa 1% yang menunjukkan ukuran pita plasmid pWSRI dan pP2RE secara berurutan 6200 bp dan 5500 bp. Hasil Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer spesifik menunjukkan hasil yang sesuai dengan ukuran yang diharapkan yaitu pWSRI 178 bp dan pP2RE 800 bp. Konfirmasi isolat dsRNA dengan PCR menghasilkan ukuran pita tunggal sekitar 200 bp. Kesimpulan sementara yang dapat diambil bahwa bakteri Escherichia coli BL21 yang ditransformasi plasmid pWSRI dan pP2RE dapat memproduksi dsRNA.