Magnetotellurik (MT) merupakan salah satu metoda geofisika pasif yang umum dan banyak digunakan dalam berbagai kegiatan eksplorasi sumber daya alam. Dalam preakteknya, data hasil akuisisi MT sering terkontaminasi oleh noise yang dapat berasal dari proses alami ataupun benda – benda lokal yang ada disekitar lokasi pengukuran. Noise yang bercampur dengan sinyal utama MT akan membuat data MT menjadi random nonstasioner dan dapat menyebabkan estimasi fungsi transfer menjadi bias, olehkarena itu diperlukan metoda khusus untuk mengolah data MT tersebut. Dalam paper ini, pengolahan data MT dilakukan menggunakan metoda analisis sinyal nonstasioner berupa Hilbert – Huang transform (HHT) dengan tujuan untuk mendapatkan kurva resistivitas semu dan fasa. Pengolahan data MT dilakukan dengan mendekomposisi sinyal MT menjadi beberapa komponen IMF melalui metoda yang disebut empirical mode decomposition (EMD). Selanjutnya, dilakukan analisa dan eliminasi baseline drift noise sebelum dilakukan perhitungan nilai instantaneous spectrum (IS). Nilai IS dalam domain waktu–frekuensi yang telah diperoleh tersebut akan digunakan untuk mengestimasi nilai fungsi transfer MT. Pengujian metoda HHT dilakukan pada dua buah data sintetik, yaitu data yang bebas dari noise dan data yang telah ditambahkan noise 10% dan 20% serta pada data real MT untuk mengetahui efektivitas metoda tersebut. Hasil uji metoda pada data – data tersebut menunjukkan bahwa hasil estimasi fungsi transfer yang diperoleh melalui metoda HHT lebih stabil dibandingkan dengan metoda FT. Metoda HHT mampu mengatasi permasalahan sifat nonstasionaritas dari data MT yang dapat menyebabkan hasil estimasi menjadi bias.