Perpustakaan Digital ITB
ABSTRAK
KUANTIFIKASI KEPADATAN DEPOSISI KOLAGEN TIPE III
DARI FOTOMIKROGRAF JARINGAN IKAT VAGINA
Oleh
Muhammad Arfan
NIM: 23218110
(Program Studi Magister Teknik Elektro)
Dunia medis selalu mengandalkan visualisasi dalam percobaan klinis untuk
mengambil kesimpulan dalam diagnosa. Sayangnya, hal ini sering dilakukan
secara manual dengan sampel pengamatan yang terbilang banyak. Misalnya pada
penelitian kuantitatif yang melibatkan ratusan sampel dengan objek penelitian
yang rumit dan membutuhkan ketelitian khusus. Hal ini akan memakan banyak
waktu dan pekerjaan peneliti akan semakin berat seiiring dengan meningkatnya
jumlah sampel yang perlu diamati dengan ketelitian khusus. Sebuah penelitian
dalam menghitung kepadatan deposisi kolagen tipe III dilakukan secara manual
pada 105 sampel menggunakan program ImageJ. Pengamatan dilakukan terhadap
sampel berupa fotomikrograf dengan mengubah warna coklat pada deposisi
kolagen tipe III menjadi citra biner yang menghasilkan kepadatan deposisi dalam
bentuk persentase area terwarnai. Penelitian ini akan melakukan kuantifikasi
secara otomatis untuk memotong waktu proses yang lama dan agar kuantifikasi
dapat dilakukan tanpa ahli dan ketelitian yang khusus terhadap jumlah sampel
yang banyak dan objek penelitian yang rumit. Penelitian ini menggunakan koreksi
iluminasi untuk meratakan pencahayaan dan mengurangi derau pada
fotomikrograf untuk memudahkan proses identifikasi sel. Selain itu dilakukan
peningkatan fitur garis dan tabung untuk meningkatkan intensitas piksel dan
struktur serat kolagen. Serangkaian proses dilakukan dengan modul CellProfiler
yang memungkinkan kuantifikasi berjalan secara otomatis. Waktu untuk
memproses 105 gambar dengan CellProfiler memakan waktu sebesar 8 menit 57
detik, atau 5,1 detik per gambar. Sedangkan pemrosesan dengan ImageJ
membutuhkan waktu sebesar 1 menit 14 detik per gambar atau 129.5 menit untuk
105 gambar (bervariasi dengan tingkat ketelitian peneliti). Pemrosesan gambar
menjadi lebih cepat 14,5 kali dengan menggunakan CellProfiler. Perbandingan
hasil dari penghitungan otomatis menggunakan CellProfiler dan hasil
penghitungan manual menggunakan ImageJ dilakukan dengan Regresi Linier
yang menghasilkan nilai R2 = 0,7786 dan fungsi y = 0,9548x + 1,2197. Hasil dari
perbandingan tersebut mengindikasikan hubungan dengan korelasi yang kuat dan
positif dan menandakan bahwa kuantifikasi otomatis dengan CellProfiler telah
berhasil dalam menghitung deposisi kolagen tipe III dan dapat dilakukan tanpa
ketelitian khusus dari ahli patofisiologi.
Kata kunci: Prolaps, kolagen, MSCs, pemrosesan gambar, kuantifikasi otomatis.