Perpustakaan Digital ITB

SARS-CoV-2 merupakan virus corona jenis baru yang menyerang sistem pernapasan manusia dan menjadi penyebab penyakit COVID-19. SARS-CoV-2 telah menyebar dengan cepat ke seluruh dunia dengan laju mutasi yang sangat tinggi sehingga menghasilkan berbagai varian. Studi terkait dampak varian SARS-CoV-2 dan hubungannya dengan pengembangan vaksin masih terus dikaji hingga saat ini. Salah satu protein struktural utama SARS-CoV-2 yang mulai ramai diteliti adalah protein nukleokapsid (N). Protein nukleokapsid merupakan protein pengikat RNA yang berperan penting dalam banyak aspek siklus hidup virus, termasuk dalam regulasi sistem imun. Pentingnya peran protein nukleokapsid yang multifungsi tersebut dinilai mampu menjadikannya sebagai kandidat obat antivirus. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi variasi urutan asam amino penyusun protein nukleokapsid SARS-CoV-2 dan garis keturunan varian hasil mutasi. Data sampel pasien COVID-19 Pulau Jawa, Indonesia dikumpulkan dari basis data GISAID, kemudian diselaraskan dengan program penyelarasan MAFFT. Variasi urutan asam amino dan hubungan filogenetiknya dianalisis menggunakan perangkat lunak MEGA X. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa 10 kelompok garis keturunan varian SARS-CoV-2 dari hasil identifikasi total 227 variasi mutasi pada daerah protein nukleokapsid yang tersebar di Pulau Jawa, Indonesia telah mengalami evolusi pesat dari Wuhan-Hu-1. Analisis prediksi model struktur yang selanjutnya dilakukan menggunakan sistem berbasis kecerdasan buatan, AlphaFold 2 menghasilkan struktur yang cukup mirip dengan struktur eksperimental. Namun, delesi pada residu 314?419 sangat mempengaruhi fungsi domain N-CTD penyusun protein nukleokapsid SARS-CoV-2.