Article Details

STUDI KOMPUTASI INTERAKSI HALOASAM DEHALOGENASE DARI BACILLUS CEREUS INDB1 DENGAN ASAM 2-KLOROALKANOAT

Oleh   Saepulloh [20519318]
Kontributor / Dosen Pembimbing : Enny Ratnaningsih, Ph.D.;
Jenis Koleksi : S2 - Tesis
Penerbit : FMIPA - Kimia
Fakultas : Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA)
Subjek : Chemistry
Kata Kunci : Bacillus cereus, Haloasam dehalogenase, Molecular docking, Simulasi dinamika molekul
Sumber :
Staf Input/Edit : Latifa Noor   Ena Sukmana
File : 1 file
Tanggal Input : 2022-01-13 16:23:48

Haloasam dehalogenase telah banyak dipelajari karena potensi aplikasinya pada bidang bioremediasi dan agrokemikal. Gen haloasam dehalogenase dari Bacillus cereus IndB1 (bcfd1) telah diisolasi, diekspresikan secara heterolog dalam E. coli BL21/pET-30a(+), dan aktivitasnya terhadap asam monokloroasetat telah dipelajari. Namun, struktur, stereoselektivitas, rentang substrat, dan interakaksi Bcfd1 dengan haloasam belum dipelajari lebih lanjut. Pada penelitian ini dilakukan kajian komputasi untuk memprediksi struktur tersier Bcfd1 dan mempelajari interaksinya dengan asam 2-kloroalkanoat. Aspek yang dikaji meliputi stereoselektivitas dan efek jumlah karbon dalam substratnya. Hasil prediksi struktur tersier menunjukkan bahwa Bcfd1 memiliki dua domain, yaitu domain utama dan domain cap. Domain utama terdiri dari tujuh ?-sheet yang dihubungkan oleh enam ?-heliks dan empat 310-heliks membentuk lipatan Rosmann yang mirip dengan domain utama L-haloasam dehalogenase. Domain cap terdiri dari lima ?-sheet yang dihubungkan oleh lima ?-heliks. Hasil molecular docking menggunakan 9 substrat asam 2-kloroalkanoat dengan jumlah atom karbon sampai enam menunjukkan bahwa semua substrat dapat terikat pada sisi aktif Bcfd1 tanpa adanya perbedaan skor docking yang signifikan antara asam L-2- dan D-2-kloroalkanoat. Namun, simulasi dinamika molekul menunjukkan kompleks Bcfd1-asam monokloroasetat dan Bcfd1-asam D,L-2-kloropropanoat lebih stabil dibandingkan kompleks lainnya dengan energi bebas ikatan yang lebih rendah dibandingkan substrat lainnya dengan jumlah atom karbon lebih banyak. Hasil alanine scanning menunjukkan bahwa residu Met1, Asp2, Ser34, Lys204, Asp231, dan Met234 berkontribusi terhadap energi bebas ikatan. Penelitian ini menunjukkan bahwa Bcfd1 merupakan anggota superfamili haloasam dehalogenase (HAD) yang memiliki afinitas lebih besar terhadap asam monokloroasetat dan asam D,L-2-kloropropanoat dibandingkan asam 2-kloroalkanoat lainnya.