Article Details

PROFIL EKSPRESI DAN ANALISIS DIFERENSIAL RNA-SEQ KACANG KEDELAI (GLYCINE MAX) MENGGUNAKAN PENDEKATAN K-MEANS CLUSTERING PADA BERBAGAI TAHAP PERKEMBANGAN BIJI

Oleh   Ryan Willyanto [10617038]
Kontributor / Dosen Pembimbing : Dr. Ir. Dadang Sumardi, M.P.;Husna Nugrahapraja, S.Si., M.Si., Ph.D.;
Jenis Koleksi : S1-Tugas Akhir
Penerbit : SITH - Biologi
Fakultas : Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati (SITH)
Subjek :
Kata Kunci : kedelai, kmeans, profil ekspresi, transkriptomik
Sumber :
Staf Input/Edit : Irwan Sofiyan  
File : 1 file
Tanggal Input : 2021-12-27 13:56:22

Kedelai (Glycine max) merupakan tanaman legume dengan nilai komersial yang tinggi karena memiliki kandungan protein serta lipidnya yang tinggi. Kedelai dapat dimanfaatkan menjadi tumbuhan pangan maupun sebagai tumbuhan penghasil minyak. Pengetahuan dan penelitian aktivitas ekspresi gen selama tahap perkembangan penting dipelajari untuk pemanfaatannya. Penelitian bertujuan untuk menentukan profil ekspresi dan pathway yang mengalami perubahan berdasarkan analisis k-means clustering. Metode penelitian dilakukan pada 5 jenis sampel RNA-seq dengan 2 replikasi pada 5 tahap perkembangan globular stage (GS), heart stage (HS), cotyledon stage (CS), maturation stage (MS), dan dry seeds (DS). Analisis RNAseq dimulai dengan pengontrolan kualitas data menggunakan fastp (v0.20.1), pensejajaran menggunakan HISAT2 (v2.2.1), dan penilaian kualitas pensejajaran menggunakan PICARD (v2.18.2.2). Perhitungan reads dilakukan dengan menggunakan htseqcount (v0.9.1) sebelum dilakukan analisis k-means clustering, enrichment dan diferensial menggunakan DEseq2 melalui website iDEP (v0.93). Hasil penelitian didapatkan 4 jenis klaster (A, B, C, D) dengan dinamika ekspresi yang berbeda-beda. Klaster A terdiri dari pathway pemrosesan protein, metabolisme galaktosa, dan metabolisme glutathion mengalami peningkatan ekspresi secara bertahap selama perkembangan biji (GS-DS). Klaster B terdiri dari pathway biosintesis diterpenoid mengalami pemuncakan ekspresi pada tahap maturasi (MS). Klaster C terdiri dari 10 pathway yang mengalami penurunan dengan penurunan paling signifikan ada pada biosintesis flavonoid pada tahap akhir perkembangan (DS). Klaster D terdiri dari pathway metabolisme asam linoleat yang mengalami penurunan ekspresi secara bertahap selama masa perkembangan biji