digilib@itb.ac.id +62 812 2508 8800

ABSTRAK Nandrea Hasna Syahira
PUBLIC Alice Diniarti

COVER Nandrea Hasna Syahira
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan

BAB 1 Nandrea Hasna Syahira
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan

BAB 2 Nandrea Hasna Syahira
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan

BAB 3 Nandrea Hasna Syahira
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan

BAB 4 Nandrea Hasna Syahira
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan

BAB 5 Nandrea Hasna Syahira
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan

PUSTAKA Nandrea Hasna Syahira
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan

Coronavirus jenis baru teridentifikasi di Wuhan, China, pada Desember 2019 yang diberi nama SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2). Virus tersebut telah menyebabkan wabah COVID-19 yang dideklarasikan sebagai pandemi oleh WHO pada 11 Maret 2020. Menurut catatan 16 Juli 2021, GISAID mencatat lebih dari 189 juta orang di seluruh dunia telah terkena virus mematikan ini, dengan jumlah kematian lebih dari 4 juta orang. Kecepatan virus tersebut menyebar tidak lepas dari munculnya varian-varian baru akibat mutasi yang meningkatkan transmisibilitas SARS-CoV-2. Selain itu, tingginya tingkat mutasi SARS-CoV-2 menyulitkan pengembangan vaksin yang efektif bagi segala jenis varian. Substitusi merupakan jenis mutasi yang paling banyak terjadi pada SARS-CoV-2. Substitusi dengan frekuensi tinggi atau terjadi pada minimal 1% populasi disebut sebagai Single-Nucleotide Polymorphism (SNP). Seringkali, SNP tidak menimbulkan dampak yang berarti pada ekspresi gen, namun beberapa SNP pada bagian yang mengkode maupun tidak mengkode protein mampu mengakibatkan perubahan pada struktur protein, fungsi protein, dan regulasi dari ekspresi protein. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi variabilitas genetik mutasi berupa Single-Nucleotide Polymorphism (SNP) pada SARS-CoV-2 dan menganalisis dampak yang dihasilkan oleh SNP yang terjadi. Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat membantu untuk mengidentifikasi conserved region pada SARS-CoV-2 yang dapat digunakan sebagai probes untuk proses identfikasi virus dan dapat dijadikan daerah target dalam pengembangan vaksin. Pada penelitian ini, sebanyak 15,000 sekuens SARS-CoV-2 diunduh dari GISAID yang diisolasi dari 35 negara berbeda di seluruh dunia, yaitu Afrika Selatan, Ghana, Kenya, Madagaskar, Mali, Maroko, Mayotte, Mozambik, Reunion, China, Hongkong, India, Indonesia, Jepang, Malaysia, Russia, Saudi Arabia, Singapura, Taiwan, Amerika Serikat, Kanada, Kosta Rika, Meksiko, Brazil, Peru, Kolombia, Belgia, Spanyol, Perancis, Italia, Turki, Jerman, Swiss, Australia, dan Guam. Sampel yang diambil memiliki rentang waktu mulai dari Februari 2020 hingga Juli 2021. Multiple Sequence Alignment dilakukan menggunakan web-server MAFFT (version 7.481) dengan metode progressive alignment. Varian dari sampel-sampel tersebut diidentifikasi menggunakan tool Nextclade pada webserver Nextstrain. Hasilnya menunjukkan bahwa varian terbanyak adalah varian 20B, 20A, dan 20I (Alpha) dengan masing-masing persentase populasi 32,12%, 23,95%, dan 17,39% dari total populasi. Selanjutnya, pemanggilan SNP pada sampel dilakukan menggunakan program SNP-sites dan SNP tersebut diekstraksi menggunakan Excel. Dari 10,107 sampel SARS-CoV-2 yang diteliti, ditemukan sebanyak 154 SNP dengan jumlah SNP paling tinggi pada gen spike, nsp3 dan nukleokapsid. Pada penelitian ini diukur pula rasio mutasi dengan panjang sekuens untuk mengetahui bagian gen yang memiliki tingkat mutasi terbesar. Rasio jumlah mutasi dengan panjang sekuens terbesar ada pada gen ORF8, ORF7a, dan ORF7b dengan nilai masing-masing sebesar 0.537, 0.474, dan 0.419. Hasil ini menunjukkan tingginya SNP pada suatu gen tidak dapat menjadi tolak ukur tinggi atau tidaknya tingkat mutasi gen tersebut.