Artikel Terbaru

POTENSI PENICILLIUM CITRINUM DAN PENICILLIUM OXALICUM DALAM PEMBENTUKAN TANAH SUPRESIF TERHADAP PENYAKIT LAYU FUSARIUM PISANG DENGAN MODEL CO OCCURRENCE BERBASIS METAGENOMIK

Oleh   Alfriana Margareta [21118022]
Kontributor / Dosen Pembimbing : Dr. Adi Pancoro;
Jenis Koleksi : S2 - Tesis
Penerbit : SITH - Bioteknologi
Fakultas : Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati (SITH)
Subjek :
Kata Kunci : Fusarium oxysporum, tanah supresif, layu fusarium, Metagenomik, ITS2, Qiime2.
Sumber :
Staf Input/Edit : Alice Diniarti  
File : 1 file
Tanggal Input : 2021-04-23 15:04:09

Penyakit layu fusarium disebabkan oleh fungi patogen Fusarium oxysporum f.sp. cubense (Foc) yang menjadi ancaman serius bagi produksi pisang di Indonesia. Infeksi Foc sudah terdeteksi di seluruh wilayah Aceh hingga Papua dan menghilangkan ribuan hektar perkebunan pisang masyarakat dan swasta. Pengendalian layu fusarium secara konvensional seperti fumigasi, fungisida dan pengembangan kultivar tanaman pisang yang tahan terhadap Foc masih kurang efektif. Strategi lain yang lebih efektif adalah pemanfaatan fungi yang berpotensi dalam menginduksi pembentukan tanah supresif dengan pendekatan omiks (metagenomik, transkriptomik, proteomik dll). Tanah supresif berperan dalam menekan perkembangan patogen di dalam rizosfer tanah. Oleh karena itu, dilakukan penelitian yang bertujuan untuk mendapatkan fungi potensial dalam pembentukan tanah supresif melalui analisis struktur komunitas dan model co-occurrence berbasis metagenomik ITS2. Dua sampel tanah supresif dan dua sampel tanah kondusif diambil dari lahan PTPN VIII Sukabumi. Isolasi DNA dilakukan menggunakan ZymoBIOMICS™ DNA Miniprep Kit dan kemudian dilakukan sekuensing menggunakan Illumina HiSeq. Hasil data sekuensing dianalisis menggunakan quality control (FASTQC ver.0.11.5) yang memiliki Phred score sekuens di atas 30. Analisis bioinformatika lebih lanjut menggunakan beberapa perangkat lunak, yaitu QIIME2 sebagai pipeline utama dengan database taksonomi UNITE, R dan Gephi untuk pola model co-occurrence network. Hasil analisis diversitas alfa menunjukkan bahwa sampel tanah supresif memiliki nilai diversitas alfa yang lebih tinggi dari pada tanah supresif. Analisis diversitas beta yang diuji dengan PcoA membentuk klaster di antara sampel tanah supresif, namun tidak pada tanah kondusif. Kelompok fungi melalui analisis komparasi kelimpahan tingkat genus pada tanah supresif didominasi oleh Penicillium dan pada tanah kondusif didominasi oleh Rigidoporus. Kelompok fungi melalui analisis komparasi kelimpahan pada tingkat spesies menunjukkan P. citrinum dan P. oxalicum relatif lebih tinggi pada tanah supresif dibandingkan pada tanah kondusif yang didominasi oleh Rigidiporus ulmarius dan Fusarium oxysporum. Pola co-occurrence network pada tanah supresif memiliki jumlah interaksi positif lebih tinggi dibandingkan tanah kondusif dengan nilai degree spesies yang bervariasi. Sedangkan pada model co-occurrence network tanah kondusif memiliki nilai degree yang sama. P. citrinum dan P. oxalicum memiliki nilai degree sebesar 16, tertinggi untuk co-occurrence pada interaksi positif di tanah supresif. Berdasarkan hasil penelitian ini, P. citrinum dan P. oxalicum berpotensi dalam pembentukan tanah supresif, yang mekanismenya belum dapat diketahui dan perlu studi lebih lanjut.