ABSTRAK Dwi Elfira Kurniati
PUBLIC yana mulyana COVER Dwi Elfira Kurniati
PUBLIC yana mulyana BAB 1 Dwi Elfira Kurniati
PUBLIC yana mulyana BAB 2 Dwi Elfira Kurniati
PUBLIC yana mulyana BAB 3 Dwi Elfira Kurniati
PUBLIC yana mulyana BAB 4 Dwi Elfira Kurniati
PUBLIC yana mulyana BAB 5 Dwi Elfira Kurniati
PUBLIC yana mulyana BAB 6 Dwi Elfira Kurniati
PUBLIC yana mulyana PUSTAKA Dwi Elfira Kurniati
PUBLIC yana mulyana
Kuantifikasi sisa DNA inang penting dilakukan untuk menjamin keamanan dan
kualitas produk vaksin. WHO mensyaratkan jumlah sisa DNA inang pada produk
vaksin rekombinan yang diproduksi di sel ragi kurang dari 10 pg per dosis. PT. B
mengembangkan produk vaksin subunit HBsAg yang diekspresi di sel ragi Ogatea
polymorpha strain R. Pada uji pendahuluan ditemukan bahwa kit komersial untuk
penentuan jumlah sisa DNA inang tidak sesuai untuk sel inang O. polymorpha
strain R. Pengembangan metode qPCR bertujuan untuk menghasilkan sistem
kuantifikasi mandiri yang spesifik dan tervalidasi agar selanjutnya dapat digunakan
untuk kuantifikasi sisa DNA O. polymorpha strain R. Sebelumnya telah dirancang
primer yang mentarget daerah X, Y, dan Z pada genom O. polymorpha strain R dan
telah dibuktikan spesifisitas primer dengan PCR konvensional. Tujuan yang ingin
dicapai pada penelitian ini adalah menyiapkan DNA standar untuk digunakan pada
tahap kuantifikasi dan penentuan spesifisitas primer melalui qPCR berbasis SYBR
Green dan qPCR Taqman. Standar DNA genom O. polymorpha strain R dibuat
dengan konsentrasi 30 ng/µL dan memberikan nilai SD+2, SD+3, SD-2 dan SD-3
berturut-turut sebesar 31,54; 32,25; 28,71; dan 28,00 pada uji pengulangan 3 waktu
berbeda. Rasio kemurnian 260/280 standar DNA sebesar 1,936 + 0,058 memenuhi
kriteria penerimaan yang disyaratkan oleh ISO yaitu 1,8-2,0. Sedangkan rasio
kemurnian 260/230 standar DNA sebesar 1,651 + 0,052, di bawah kriteria
penerimaan yang disyaratkan oleh ISO yaitu 2,0-2,2. Uji spesifisitas terhadap
primer X, Y dan Z menghasilkan nilai Ct 11,88; 11,85; dan 11,93 ketika
menggunakan DNA cetakan O. polymorpha strain R 3000 pg dan menghasilkan
puncak tunggal pada kurva pelelehan ketika diuji menggunakan qPCR berbasis
SYBR Green. Uji spesifisitas menggunakan qPCR Taqman dibandingkan dengan
DNA non-target yaitu Pichia pastoris 3000 pg. Nilai Ct primer X, Y, dan Z adalah
15,57; 16,14; dan 15,29, sedangkan sampel non-target memiliki nilai Ct > 28 . Hal
ini menunjukkan semua pasangan primer terbukti mampu mengamplifikasi target
secara spesifik menggunakan metode qPCR berbasis SYBR Green maupun metode
qPCR Taqman.