Perpustakaan Digital ITB

Kanker payudara merupakan kanker dengan persen kematian tertinggi pada perempuan. Pada tahun 2018, sebanyak 15% (sekitar 630.000) pengidap kanker pada perempuan yang meninggal merupakan pengidap kanker payudara. Metode terapi kanker payudara yang paling umum digunakan saat ini adalah pembedahan, radioterapi dan kemoterapi menggunakan senyawa sitotoksik seperti Doxorubicin. Akan tetapi, metode pengobatan tersebut memiliki efek negatif. Oleh karena itu, saat ini banyak dilakukan riset mengenai terapi kanker payudara dengan efek negatif yang lebih rendah, seperti terapi menggunakan senyawa bahan alam. Cryptocarya adalah nama genus tumbuhan yang banyak digunakan sebagai tanaman obat tradisional. Ekstrak Cryptocarya diketahui memiliki efek biologis yang beragam seperti anti-inflamasi, antimikroba, antituberkulosis, dan aktivitas sitotoksik. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa Cryptobrachytone C, senyawa yang diisolasi dari Cryptocarya pulchinivera, memiliki efek sitotoksik pada lini sel kanker payudara MDAMB- 23 dan lima lini sel kanker lainnya. RNA-seq dari lini sel kanker MCF-7 yang diberikan perlakuan Cryptobrachytone C telah dilakukan sebelumnya. Terdapat dua sampel yang digunakan dalam RNA-seq: sel MCF-7 tanpa perlakuan dan sel MCF-7 dengan perlakuan Cryptobrachytone C 12,94 ?M (IC50) yang dikultur selama 24 jam. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis data RNA-seq dan memverifikasi hasil analisis data RNAseq tersebut menggunakan RT-qPCR. Analisis data RNA-seq dilakukan dengan protokol Tuxedo. Terdapat tiga gen pilihan hasil dari analisis data RNA-seq, yaitu LDOC1, NFKBIZ, dan HRK. Uji kuantitatif ekspresi relatif LDOC1, NFKBIZ, dan HRK pada lini sel MCF-7 dilakukan menggunakan qPCR dengan gen kontrol internal 18S rRNA. Terdapat lima perlakuan uji qPCR, yaitu perlakuan Cryptobrachytone C dengan konsentrasi 4,31 ?M (IC25), 12,94 ?M (IC50), dan 38,89 ?M (IC75); perlakuan Doxorubicin 0,5 ?g/mL; dan kontrol negatif. Analisis in-silico lanjutan untuk mengetahui interaksi antara Cryptobrachytone C dengan protein faktor transkripsi gen LDOC1 dan HRK dilakukan dengan molecular docking menggunakan perangkat lunak AutoDock Vina. Tingkat ekspresi gen LDOC1, NFKBIZ, dan HRK berdasarkan analisis RNA-seq pada kelompok perlakuan Cryptobrachytone C lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok kontrol (upregulated). Ekspresi relatif LDOC1 pada semua perlakuan (IC25, IC50, IC75, dan Doxorubicin) lebih rendah dibandingkan kontrol negatif (downregulated). Ekspresi relatif NFKBIZ pada perlakuan Doxorubicin, IC50, dan IC75 lebih rendah dibandingkan kontrol negatif, sedangkan pada perlakuan IC25, ekspresi relatifnya tidak berbeda secara signifikan dengan kontrol negatif. Ekspresi relatif HRK pada perlakuan IC75 lebih rendah dibandingkan kontrol negatif, sedangkan pada perlakuan IC25 dan IC50, ekspresinya tidak berbeda secara signifikan dibandingkan dengan kontrol negatif. Di lain sisi, ekspresi relatif HRK pada perlakuan Doxorubicin lebih tinggi dibandingkan kontrol negatif. Hasil uji qPCR menunjukkan bahwa gen LDOC1, NFKBIZ, dan HRK mengalami downregulation, terbalik dengan hasil analisis RNA-seq yang seharusnya upregulated. Oleh karena berdasarkan penelitian sebelumnya Cryptobrachytone C memiliki efek sitotoksik pada lini sel kanker, hasil uji qPCR pada NFKBIZ ini sesuai dengan peran protein I?B? dalam menghambat apoptosis dan memicu proliferasi sel. Di lain sisi, hasil ekspresi relatif LDOC1 dan HRK terbalik dengan perannya sebagai gen pro-apoptosis. Analisis molecular docking menunjukkan bahwa Cryptobrachytone C dapat berikatan pada situs pengikatan yang sama dengan SAH (AdoHcy), inhibitor dari DNMT1. Protein DNMT1 diketahui dapat menekan ekspresi LDOC1 dan HRK. Dengan demikian, diprediksi bahwa Cryptobrachytone C berkompetisi dengan SAH sehingga DNMT1 tidak lagi terhambat. Secara umum, dapat disimpulkan bahwa perlakuan Cryptobrachytone C terhadap sel MCF- 7 menurunkan ekspresi relatif gen LDOC1, NFKBIZ, dan HRK.