Perpustakaan Digital ITB

Superoksida dismutase dari Citrus limon (SOD_Cl) merupakan metaloprotein dengan Cu dan Zn sebagai logam kofaktornya (Cu/ZnSOD). Aktivitas SOD_Cl sebagai protein antioksidan yang stabil pada pH asam dan protease kimotripsin dan tripsin menjadikannya kandidat protein terapeutik oral maupun topikal. Struktur tiga dimensi SOD_Cl diperlukan untuk mempelajari struktur dan mekanismenya sebagai SOD yang tahan asam. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan pemeriksaan aktivitas dan karakterisasi molekul SOD_Cl serta mengetahui karakteristik SOD_Cl berdasarkan kajian struktur in silico dan bioinformatik. Overproduksi SOD_Cl dilakukan dengan mengekspresikan protein pada Escherichia coli BL21(DE3). Penambahan fragmen polihistidin pada ujung amino SOD_Cl memungkinkan dilakukannya purifikasi menggunakan kromatografi kolom afinitas Ni2+ -NTA. Uji aktivitas dengan metode zimografi menunjukkan aktivitas SOD_Cl dalam LEW yang mengandung imidazol lebih rendah daripada dalam Tris-HCl dan LEW. Karakterisasi dimensi molekul SOD_Cl dalam dapar fosfat pH 6, 7, dan 8 menggunakan dynamic light scattering menunjukkan kecenderungan agregasi protein karena besarnya nilai dimensi molekul yang diberikan. Pemodelan struktur SOD_Cl dilakukan menggunakan Swiss-Model berdasarkan template struktur protein dengan identitas tertinggi 83,55%, yaitu Cu/ZnSOD Potentilla atrosanguinea (PDB ID: 2q2l). Model struktur SOD_Cl memberikan nilai GMQE 0,95 dan QMEAN 0,11, mengindikasikan pemilihan template sudah tepat. Validasi dengan MolProbity menunjukkan bahwa model struktur SOD_Cl yang dihasilkan dapat digunakan. Berdasarkan analisis hubungan struktur-fungsi, ciri struktural dan karakteristik Cu/ZnSOD umum dapat ditemukan pada SOD_Cl antara lain adanya situs aktif pengikatan logam kofaktor yang melibatkan loop elektrostatik.