Kedelai hitam (Glycine max. (L.) Merr.) berpotensi menjadi komoditas paling
penting dari hasil pertanian kelompok legum karena berkontribusi besar sebagai
bahan baku industri makanan, obat-obatan dan industri kimia lainnya. Kedelai
hitam dikenal memiliki kadar isoflavon 100 kali lebih tinggi dari tanaman legum
lainnya. Senyawa isoflavon merupakan metabolit sekunder yang berperan dalam
mekanisme pertahanan tanaman dan memiliki banyak manfaat untuk kesehatan
manusia. Kadar isoflavon pada tanaman kedelai dikendalikan oleh sejumlah gen
dan faktor lingkungan. Informasi fungsi genomik dari gen-gen pengendali karakter
isoflavon diperlukan dalam penggunaan penanda molekuler untuk pengembangan
varietas kedelai hitam yang memiliki karakteristik kadar isoflavon tinggi dan stabil.
Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan profiling ekspresi gen jalur
biosintesis isoflavon (gen CHS8, CHR, CHI1A, F6H3 dan IFS2) pada kedelai
hitam varietas lokal UP106 dan UP122 dan generasi resiprok F4 dari
UP106xUP122 dan UP122xUP106 sebagai evaluasi potensi galur harapan pada
seleksi kultivar generasi awal dalam strategi pemuliaan tanaman. Tetua memiliki
karakter fenotip kadar isoflavon yang relatif stabil dan memiliki perbedaan secara
signifikan (UP106 tinggi kadar isoflavon dan UP122 rendah kadar isoflavon) serta
generasi F4 yang merupakan hasil persilangan resiprokal kedua tetua, yaitu
UP106xUP122 dan UP122xUP106. Metode penelitian ini meliputi penanaman dan
pengambilan sampel, isolasi RNA serta analisis kuantitas dan kualitas, sintesis
cDNA, Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR) gen CHS8, CHR, CHI1A,
F6H3 dan IFS2. Level ekspresi gen relatif diperoleh dengan aktin (ACT2/7) sebagai
referensi, kemudian dianalisis melalui ketebalan pita yang terbentuk dari hasil
visualisasi elektroforesis gel agarosa secara semi-kuantitatif menggunakan ImageJ.
Hasil penelitian menunjukkan pada gen CHS8 dan CHR level ekspresi gen relatif
yang paling tinggi ditunjukkan pada kelompok genotip tetua UP106, pada
gen CHI1A tidak terdapat perbedaan signifikan pada keempat kelompok genotip
berdasarkan uji ANOVA one way (p-value>0,05), pada gen IFS2 diperoleh level
ekspresi gen relatif paling tinggi pada kelompok genotip F4 (UP106xUP122), dan
pada gen F6H3 tidak dapat dilakukan pengukuran level ekspresi gen relatif karena
tidak munculnya pita DNA dari hasil RT-PCR. Kesimpulan penelitian ini adalah
level ekspresi gen relatif yang lebih tinggi dibandingkan dengan kedua tetuanya
diperoleh kelompok genotip F4 (UP106xUP122) pada gen IFS2 yang merupakan salah satu gen kunci dari biosintesis isoflavon. Selain itu, profil ekspresi gen pada
kedua generasi F4 dipengaruhi persilangan UP106xUP122 dan UP122xUP106
pada gen CHS8, CHR dan IFS2 berdasarkan uji t-test (p-value<0,05) dan tidak
berpengaruh pada gen CHI1A dan F6H3.