Perpustakaan Digital ITB

Elongation factor-1a (EF-1a) merupakan faktor penting dalam sintesis protein organisme eukariot. Protein ini mengkatalisis pengikatan aminoasyl-tRNA ke sisi akseptor pada ribosom. Bukti beberapa penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa protein ini dikode oleh lebih dari satu gen EF-1a. Tiga kopi gen EF-1a pada singkong telah ditemukan. Salah satu gen telah dikarakterisasi beserta aktivitas promoternya (MeEF1a). Berdasarkan hal tersebut, diduga masih ada gen EF-1a lain pada singkong yang memiliki promoter dengan karakteristik yang berbeda. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan klon promoter dari gen EF-1a yang berbeda dan diharapkan memiliki karakteristik yang khas. Kloning promoter dilakukan dengan metode 'gene walking' berbasis PCR. Hasil PCR diklon ke pGEMT-Easy (Promega) yang selanjutnya ditransformasi ke sel inang E. coli galur DH5a sebelum disekuens. Putative promoter gen EF-1a didapatkan berdasarkan pada sekuens konsensus dari literatur. Selain PCR gene walking, dilakukan PCR genomik untuk memberikan gambaran jumlah gen dalam famili gen EF-1a singkong. PCR gene walking memperlihatkan adanya tiga larik DNA berukuran sekitar ~500, ~700, dan ~1200 pb. Analisis selanjutnya difokuskan pada sekuens ~700 dan ~1200 pb. Dari sekuens ~700 pb tidak ditemukan adanya putative promoter yang cocok dengan konsensus promoter gen EF-1a. Dari sekuens ~1200 pb berhasil didapatkan putative promoter dengan tiga elemen yang sesuai dengan konsensus, yaitu TATA Box (CTATAAATA) yang berjarak -12 pb dari TSS (Transcription Start Site), TELO Box (AACCCTAA) yang berjarak -11pb dari TATA Box, dan TEF1 Box (TGGACAAAATCGT) yang berjarak -26 pb dari TELO Box. Kodon awal translasi (ATG) berjarak +882 pb dari TSS dan diperkirakan memiliki 5' UTR intron sepanjang 794 pb yang ditentukan berdasarkan konsensus spliced site intron. Putative promoter ini ternyata juga ditemukan pada promoter gen MeEF1a yang telah dikarakterisasi sebelumnya. Tetapi posisi, urutan, dan jarak antar box sedikit berbeda serta adanya dua putative TATA Box pada promoter tersebut. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa dari penelitian ini telah berhasil didapatkan sekuens putative promoter (disebut dengan MeEF1a2) yang berasal dari gen EF-1a yang berbeda dari promoter MeEF1a. PCR genomik menghasilkan empat larik DNA dengan ukuran sekitar 300 pb, 500 pb, 700 pb, dan 1000 pb. Dari hasil ini, diduga minimal ada empat gen dari famili gen EF-1a pada singkong.