Perpustakaan Digital ITB

Gen PFP mengekspresikan enzim PFP yang berperan mengkatalisis fosforilasi fruktosa-6-fosfat menjadi fruktosa-1,6-bifosfat dan sebaliknya, dengan menggunakan pirofosfat sebagai donor fosfor, dalam jalur metabolisme sukrosa. Enzim PFP terdiri dari 2 subunit, yaitu subunit-a dan subunit-B, yang masing-masing dikode oleh gen yang berbeda. Bentuk a2B2 merupakan bentuk enzim PFP yang paling aktif dan menginisiasi reaksi glikolisis sukrosa. Subunit-a berperan dalam regulasi enzim dan meningkatkan aktivitas subunit-B dalam bentuk kompleks tetramer a2B2. Tujuan penelitian ini adalah melakukan isolasi, kloning dan karakterisasi gen PFPa dari tebu (Saccharum officinarum L.) serta menganalisis gen PFPa lengkap dari S. officinarum secara in silico, dengan menggunakan data EST tebu yang terdapat di GenBank. RNA dan DNA diisolasi dari daun muda yang masih menggulung. RNA diamplifikasi dengan metode RT-PCR, menghasilkan fragmen cDNA berukuran 900 pb. DNA diamplifikasi dengan metode PCR, menghasilkan fragmen DNA dengan ukuran 900 pb. Fragmen cDNA dan DNA berhasil diklon. Hasil sekuensing fragmen cDNA, dianalisis dengan menggunakan program BLASTx, hasilnya menunjukkan bahwa fragmen cDNA teridentifikasi sebagai PFPa tebu. Urutan nukleotida fragmen cDNA PFPa S. officinarum tersebut, telah didaftarkan pada DNA Data Bank of Japan (DDBJ) dengan nomor akses AB270695. Analisis in silico dengan menggunakan program BLASTn pada data EST tebu di GenBank, menghasilkan urutan nukleotida lengkap cDNA PFPa tebu dengan panjang 2242 pb. Urutan asam amino lengkap protein PFPa tebu, memperlihatkan daerah pengikatan pirofosfat dan fruktosa-6-fosfat yang lestari. Analisis in silico dengan menggunakan program ClustalX versi 1.83, menunjukkan bahwa fragmen DNA PFPa tebu tidak mempunyai intron. Konstruksi pohon gen dari cDNA dan protein PFPa, dengan menggunakan metode parsimoni dalam program PHYLIP versi 3.573c, membentuk dua klaster yang terpisah, yaitu Magnoliopsida dan Liliopsida, dengan nilai Bootstrap yang tinggi.