Perpustakaan Digital ITB

Mammalian Target of Rapamycin (mTOR) adalah kinase serin/treonin yang penting untuk mengatur pertumbuhan, proliferasi, dan metabolisme sel, dengan hiperaktivasi yang terkait dengan berbagai kanker. Mutasi pada domain FRB (misalnya, I2017T, A2020V) dan disregulasi jalur PI3K/Akt merupakan sinyal onkogenik pada tumor. Meskipun memainkan peran penting dalam pertumbuhan dan metabolisme sel, informasi struktural yang lengkap masih terbatas untuk penggunaan komputasi. Dalam penelitian ini, struktur kristal varian mTOR manusia yang terpotong pada bagian N-terminal (mTOR?N) dianalisis. Hasil analisis menunjukkan bahwa terdapat 120 residu tidak terpecahkan, kemungkinan karena adanya kendala kristalisasi. Untuk mengatasi kelemahan ini, tiga model homologi telah dibuat menggunakan SWISS-WEB. Model-model ini kemudian disempurnakan melalui minimisasi energi, simulasi dinamika molekuler, dan GalaxyRefine. Model awal menunjukkan stereokimia suboptimal (Ramachandran favoured <94%, pencilan>0,05%), tetapi GalaxyRefine mengubah geometri secara signifikan, hingga mencapai >98% favoured residue dan pencilan <0,1% dalam model akhir. Khususnya model 3 merupakan model yang paling stabil, dengan sudut dihedral yang hampir ideal (98,98% favoured, 0,00%pencilan). Kesimpulannya, hasil ini memberikan kerangka struktural mTOR yang lebih baik, yang menyoroti perlunya penyempurnaan multi-langkah untuk memodelkan daerah fleksibel demi peningkatan akurasi model terutama untuk penemuan dan pengembangan obat di masa mendatang