digilib@itb.ac.id +62 812 2508 8800

ABSTRAK Tasia Amelia
PUBLIC yana mulyana

Kanker paru merupakan kanker dengan angka kejadian dan kematian terbesar pada tahun 2012 dan mayoritas merupakan pasien Non-Small Cell Lung Carcinoma (NSCLC). Reseptor Epidermal Growth Factor (EGF) yang diekspresikan berlebih diketahui sebagai penyebab sebagian besar kanker NSCLC, namun Obat konvensional yang bekerja sebagai inhibitor reseptor EGF yang digunakan dinilai kurang efektif karena adanya reseptoi• EGF termutasi yang resisten terhadap Obat tersebut. Hal ini menyebabkan rendahnya tingkat penyembuhan pasien NSCLC. Oleh karena itu, diperlukan pengembangan pengobatan terhadap kanker, salah satunya dengan vaksin kanker yang bersifat profilaksis dan terapetik. Setelah dilakukan uji in vivo dan uji klinis fase I, ditemukan bahwa Listeriolysin O dari L. monocyiogenes yang patogen potensial untuk digunakan sebagai vaksin kanker. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membuat model homologi, menguji potensi protein tersebut sebagai kandidat vaksin kanker secara in silico, dan memprediksi kestabilan reseptor dan kompleks dengan simulasi dinamika molekuler. Dilakukan pemilihan epitop dari struktur Listeriolysin O dengan NetCTL@ v 1.2 dan IEDB@, kemudian diseleksi berdasarkan nilai antigenisitas dengan VaxiJen. Model tiga dimensi dari epitop dirancang dengan Modeller , Rosetta , dan I-TASSER®. Model divalidasi dengan ProSA@, QMEAN®, dan MolProbity , kemudian diminimisasi menggunakan NAMD@. Struktur yang telah tervalidasi di docking dengan menggunakan DOCK terhadap H-2Kb dan reseptor EGF. Simulasi dinamika molekuler dilakukan terhadap reseptor EGF T790M-L858R dengan NAMD selama 30 ns pada suhu 310 K, dan kompleks reseptor EGF T790M-L858R-gefitinib serta reseptor EGF T790M-L858R-epitop dengan menggunakan GROMACS@ selama 10 ns pada suhu 300 K. Dihasilkan 13 epitop dari seleksi yang telah dilakukan, dan ditambahkan dengan peptida mutan epitop, sehingga diperoleh 22 epitop. Setelah dilakukan docking, diketahui bahwa epitop-epitop tersebut mampu berikatan dengan afinitas yang tinggi terhadap MHC kelas I sehingga dapat merangsang respon imun. Epitop-epitop tersebut juga memiliki afinitas yang lebih baik dibandingkan gefitinib pada reseptor EGF alami dan mutan. Epitop 7 dan lla merupakan epitop dengan afinitas tertinggi terhadap reseptor dengan ikatan hidrogen pada residu asam amino yang sama dengan ligan alami. Model tiga dimensi dari 22 epitop yang dikembangkan memenuhi seluruh kriteria validasi dari ProSA@, QMEAN@, Ramachandran Plot, dan MolProbity . Seluruh epitop memiliki afinitas yang lebih tinggi daripada gefitinib terhadap reseptor EGF. Dari 22 epitop, epitop 7 dan lla merupakan kandidat yang paling potensial untuk menjadi vaksin kanker paru. Simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa struktur reseptor dan kompleks reseptor-gefitinib dan reseptor-Epitop 7 stabil dalam kondisi tubuh.