Perpustakaan Digital ITB

Salah satu ajaran Islam adalah larangan mengonsumsi makanan haram, termasuk daging babi dan turunannya. Substitusi dengan daging babi pada produk makanan membuat konsumen khawatir. Teknologi yang tersedia saat ini masih memiliki kekurangan, seperti durasi yang lama untuk mengekstrak sampel babi hingga 6 jam dan akurasi menurun ketika sampel diproses pada suhu tinggi. Untuk mengatasi kekurangan tersebut, peptida sebagai bioreseptor dipilih sebagai elemen rekognisi biosensor karena mudah diproduksi dan selektif sedangkan biosensor telah diketahui memiliki area aplikasi yang luas dan waktu deteksi yang cepat. Myoglobin dan ?-hemoglobin dipilih sebagai biomarker babi (Sus scrofa) karena strukturnya stabil pada suhu tinggi. Pada tugas akhir ini, bioreseptor peptida untuk setiap biomarker Sus scrofa didesain menggunakan metode in silico. Langkah pertama yaitu prediksi situs aktif biomarker. Sekuens awal peptida didapat dari prinsip complementary amino acid pairing, dengan residu aktif biomarker sebagai templat. Sekuens yang didapat digunakan untuk mengonstruksi struktur 3D bioreseptor peptida, lalu divalidasi dan dilakukan refinement apabila tidak memenuhi syarat validasi, kemudian dilakukan penambatan molekuler dengan biomarker untuk dianalisis interaksinya. Kemudian dilakukan substitusi asam amino pada sekuens peptida untuk meningkatkan energi ikatan bioreseptor dengan biomarker. Sekuens bioreseptor peptida yang didapat adalah GQGGQLGLQDAAQGG sebgai bioreseptor myoglobin dan VLQAVAAPQAQ HGLL sebagai bioreseptor ?-hemoglobin. Uji spesifisitas dilakukan terhadap bioreseptor yang telah didesain menggunakan biomarker spesies lain, yaitu myoglobin dari spesies kuda (Equus caballus) dan ?-hemoglobin dari spesies kuda (Equus caballus) dan sapi (Bos taurus). Analisis kestabilan interaksi biomarker dengan bioreseptor dilakukan melalui simulasi dinamika molekuler. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bioreseptor peptida yang telah didesain mengikat secara spesifik terhadap biomarker Sus scrofa berdasarkan hasil penambatan molekuler dan membentuk interaksi yang stabil berdasarkan hasil simulasi dinamika molekuler.