Cemaran jamur dan mikotoksin masih menjadi tantangan bagi industri kopi Indonesia. Hal ini
menyebabkan penurunan kualitas dan penolakan beberapa negara dalam mengimpor komoditas
tersebut. Jamur penghasil mikotoksin pada kopi didominasi oleh genus Aspergillus dan
Penicillium. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa penggunaan starter ragi mampu
menghambat pertumbuhan jamur selama proses pengeringan buah kopi dan meningkatkan kualitas
kopi. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat ragi dari buah kopi robusta Indonesia yang
mampu menghambat pertumbuhan Aspergillus niger dan Penicillium sp. serta mengidentifikasi
spesies isolat ragi terpilih. Pada penelitian ini dilakukan uji tantang metode dual culture pada 64
isolat ragi, yang didapatkan dari penelitian sebelumnya, terhadap A. niger atau Penicillium sp.
Hasil menunjukkan rerata penghambatan terhadap A. niger dan Penicillium sp. secara berurutan
adalah 29% dan 38%. Diperoleh aktivitas penghambatan 20 isolat ragi terhadap Penicillium sp., 3
isolat ragi terhadap A. niger, dan 23 isolat ragi terhadap kedua jamur. Empat isolat ragi selanjutnya
dipilih, yaitu R1BJKT5, R2TKSU, R1HASS4, dan R1BJKT3 karena memiliki aktivitas
penghambatan yang tinggi terhadap kedua jamur. Tiga isolat telah diidentifikasi pada penelitian
sebelumnya, sedangkan R2TKSU disekuensing pada penelitian ini. Isolat R1BJKT5, R1HASS4,
dan R2TKSU teridentifikasi sebagai Wickerhamomyces anomalus yang sebelumnya telah banyak
digunakan pada preservasi makanan dan mampu meningkatkan kualitas kopi. Isolat R1BJKT3
teridentifikasi sebagai Wickerhamomyces sydowiorum yang sebelumnya diketahui sebagai ragi
yang mampu mengasimilasi berbagai jenis gula dengan spektrum yang luas. Berdasarkan hasil
yang telah diperoleh, keempat isolat ragi ini memiliki potensi sebagai agen biokontrol
pertumbuhan jamur, khususnya pada proses pengeringan buah kopi. Penelitian ini memberikan
solusi yang potensial untuk mengatasi masalah terkait kontaminasi jamur dalam industri kopi,
membuka jalan bagi peningkatan kualitas dan pemasaran kopi.