Perpustakaan Digital ITB

Surian (Toona sinensis) merupakan anggota dari famili Meliaceae yang tersebar luas di Asia Timur dan Asia Tenggara. T. sinensis umumnya dimanfaatkan sebagai bahan obat-obatan tradisional dan kayu yang berkualitas dan memiliki nilai ekonomi yang tinggi. Jenis ini telah berkembang menjadi spesies yang sering dimanfaatkan oleh masyarakat lokal di Jawa Barat. Oleh karena itu untuk menjamin keberlanjutannya, konservasi sumberdaya genetik T. sinensis menjadi penting. Namun demikian, informasi genetik sebagai landasan ilmiah upaya konservasi berupa sekuens DNA T. sinensis asal populasi lokal masih sangat terbatas. Studi ini memiliki tujuan untuk menambah hasil analisis bioinformatik menggunakan Teknologi MinION Oxford Nanopore (ONT) yang nantinya dapat digunakan sebagai kerangka dasar dalam berbagai analisis genetik T. sinensis. ONT merupakan teknologi generasi ketiga sekuensing yang dapat membaca sekuens DNA secara bacaan panjang (long-read). Sayangnya, teknologi ini belum banyak dimanfaatkan dalam pendataan genetik di Indonesia. Hasil dari penelitian ini merupakan data sekuensing whole genome liputan rendah dan analisis kekerabatan dari T. sinenis. Langkah-langkah prosedur penelitian dimulai dengan melakukan ekstraksi sampel DNA dari bibit T. sinensis sebelum dilakukan uji kualitas dan kuantitas serta disekuensing menggunakan MinION. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sekuensing yang didapatkan sebesar 0,9 Gb dengan genom parsial (contig) kloroplas sebesar 13.923 bp dan 25.661 bp. Berdasarkan hasil analisis kekerabatan dengan menggunakan marka gen rbcL dan matK, peneliti menemukan bahwa T. sinensis berkerabat dekat dengan T. ciliata.