Pembangunan infrastruktur di pesisir pulau Jawa, khususnya di muara Cipunegara terjadi cukup
pesat, terutama dengan adanya pembangunan Pelabuhan Patimban yang diproyeksikan
mendukung perkembangan ekonomi di Kawasan Cirebon–Subang–Majalengka (Kawasan
Rebana). Hal ini akan menimbulkan potensi masalah, diantaranya penurunan muka tanah dan
kekurangan sumber air tawar. Di sebelah barat lokasi pengembangan Pelabuhan Patimban
terdapat muara Cipunegara, sungai berukuran sedang yang mungkin cocok sebagai sumber air
tawar Kawasan Pelabuhan Patimban. Waduk Pantai Cipunegara diharapkan dapat menyimpan
air segar dari sungai dan dapat memberikan solusi untuk masalah kebutuhan air baku. Namun
letak Waduk Pantai Cipunegara yang berada di muara sungai menyebabkan kekhawatiran akan
tercampurnya air tawar dengan air laut. Oleh karena itu perlu dilakukan kajian pemodelan aspek
fisik kelautan untuk mengetahui sejauh mana pengaruh air laut ke darat yang kemudian akan
menentukan pola operasi waduk pantai.
Pemodelan Delft3D-Flow dilaksanakan dengan memasukkan input utama berupa elevasi
pasang surut dan debit sungai Cipunegara. Debit yang digunakan bermacam-macam sesuai
skenaio pemodelan, mulai dari debit konstan, debit musim kering, dan debit musim basah. Pada
simulasi awal, alur sungai Cipunegara dipertahankan seperti kondisi alami, namun karena data
primer batimetri tidak dimiliki, maka batimetri sungai dimodifikasi sedalam – 4 m LLWL di
muara dan makin ke hulu makin meninggi. Pada simulasi selanjutnya dilakukan penambahan
struktur bendung karet sebagai infrastruktur pengendali banjir dan pencegah intrusi air laut.
Hasil simulasi awal, yaitu tanpa melakukan intervensi apapun pada alur sungai Cipunegara,
diketahui bahwa pada musim basah, posisi inlet waduk pantai tidak terpengaruh pasang surut
karena air laut hanya masuk sejauh 3 km ke arah hulu sungai. Pengisian air waduk pantai
(operasi membuka pintu air) disarankan dilakukan pada kondisi ini. Pada musim kering, posisi
inlet waduk pantai terpengaruh pasang surut karena air laut masuk hingga 21 km ke arah hulu.
Pintu air waduk pantai disarankan ditutup agar tidak terjadi intrusi air laut ke dalam waduk
pantai. Namun pola operasi di atas tidak memungkinkan waduk pantai Cipunegara berperan
sebagai penyedia air baku secara optimal untuk Kawasan Rebana karena hanya dapat
melakukan pengambilan air pada musim tertentu saja. Dengan penambahan infrastruktur
bendung karet di alur sungai Cipunegara, hasil pemodelan menunjukkan bahwa bendung karet
efektif memisahkan air laut dengan air tawar, sehingga pintu inlet waduk pantai Cipunegara
dapat dibuka kapan saja tanpa memperhitungkan musim, selanjutnya kebutuhan air baku
Kawasan Rebana dapat dipenuhi.