Perpustakaan Digital ITB

Laut dalam (deep sea) adalah ekosistem yang menjadi habitat bagi banyak bakteri. Lingkungan laut dalam memungkinkan bakteri untuk menghasilkan metabolit sekunder sebagai mekanisme adaptasi terhadap lingkungannya. Saat ini, metabolit sekunder dari bakteri laut banyak dimanfaatkan di berbagai bidang industri karena memiliki aktivitas biologis yang bermanfaat bagi industri. Di Indonesia, belum terdapat penelitian mengenai genom organisma laut dalam Indonesia. Karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis karateristik genom dari mikroba laut dalam Indonesia, Priestia flexa dan menganalisis kluster gen penghasil metabolit sekunder dari genom. Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi karakterisasi morfologi bakteri P. flexa dengan pewarnaan Gram, kemudian dilakukan penentuan taksonomi menggunakan overall genome relatedness indices (OGRI), yaitu FastANI (nilai ANI) dan GGDC (dDDH), serta dilakukan konstruksi pohon filogenetik menggunakan OrthoFinder dan visualisasi bentuk pohon dengan iTOL. Setelah itu, ditentukan kualitas data sekuensing menggunakan tools CheckM dan karakterisasi umum genom menggunakan Biophyton. Analisis pangenom dilakukan terhadap genus Priestia dengan software GET_HOMOLOGUES dan analisis genomic island dilakukan menggunakan IslandViewer. Analisis terhadap kluster gen metabolit sekunder dilakukan mengggunakan tools antiSMASH V6.0 dan dilakukan visualisasi jalur reaksi menggunakan KEGG Reconstructor. Priestia flexa memiliki bentuk batang dan terwarnai Gram negatif. Dari hasil perhitungan ANI dan dDDH, serta hasil analisis filogenetik, isolat bakteri yang menjadi sampel WGS merupakan bakteri Priestia flexa. Kualitas genom hasil sekuensing yang diperoleh masuk ke dalam kategori “high-quality draft”. Karateristik umum genom P. flexa adalah berukuran 4.02Mb, memiliki 5.135 gen, dan 5.185 CDS. Gen dalam genom berhasil dipetakan ke dalam COG (Cluster of Orthologous Groups). Genus Priestia memiliki tipe pangenom “open” dengan nilai ? sebesar -2,66 dan memiliki 21 genomic islands dengan 413 gen di dalamnya. Analisis kluster gen metabolit sekunder menunjukkan bahwa P. flexa memiliki 8 kluster gen penghasil metabolit sekunder yang terbagi ke dalam jenis Cyclic-lactone-autoinducer/RiPP-like, NRPS/NRPS-like, siderofor, lassopeptida, terpena, NRPS, dan PKS (tipe III). Kluster gen terpena yang menghasilkan karotenoid berupa lycopene memiliki gen-gen yang lengkap dan memiliki nilai ekonomi, serta pasar yang tinggi, sehingga kluster gen ini dapat dimanfaatkan untuk proses produksi oleh industri.