Perpustakaan Digital ITB

SARS-CoV-2 merupakan novel coronavirus yang menyebabkan penyakit COVID-19 dimana pada pertengahan April 2020 telah mencapai 213 negara dan menginfeksi sekitar dua juta penduduk sejak kasus pertama pada tanggal 12 Desember 2019 di Wuhan, China. Karena itu, vaksin yang aman, efektif, serta mudah diakses masyarakat merupakan hal yang krusial. Dilakukan penelitian untuk merancang vaksin multiepitope dengan platform mRNA nonreplicating melalui pendekatan reverse vaccinology. Penelitian dimulai dengan prediksi dan seleksi epitop sel B dan T dari sekuens konsensus protein spike (S), non-structural protein 7 (NSP7), NSP8, dan NSP12 SARS-CoV-2 yang berasal dari Afrika, Asia, Eropa, Amerika Utara, serta Amerika Selatan dari bulan November 2019 hingga Februari 2022. Protein spike dipilih karena merupakan antigen imunodominan dalam infeksi CoV, serta mengandung epitop neutralizing. Protein NSP7, NSP8, dan NSP12 dipilih karena ketiga protein tersebut memiliki banyak aktivitas dan berperan dalam sintesis RNA viral, sehingga diharapkan dapat mendisrupsi aktivitas pembuatan kopi RNA. Sekuens konsensus dipetakan terhadap reseptor sel B dan alel Human Leukocyte Antigen (HLA) kelas I dan II yang representatif terhadap populasi dunia untuk memprediksi epitop sel B dan T. Kandidat epitop diseleksi dengan memperhatikan berbagai parameter yang telah ditentukan. Dihasilkan 17 epitop sel T dan 1 epitop sel B yang diprediksi memiliki antigenisitas tinggi (>0.4), non-alergen, non-toksik, memiliki kelestarian >94%, serta bersifat hidrofilik. Disusun konstruk vaksin menggunakan 18 epitop terprediksi menggunakan linker GPGPG, (EAAAK)2, dan AAY, serta adjuvant berupa agonis TLR-4 sintetik RS-09. Dihasilkan konstruk vaksin dengan cakupan populasi dunia sebesar 99.81% dan 47% asam aminonya bersifat exposed untuk aksesibilitas pelarut. Hasil analisis docking menunjukkan kompleks konstruk dengan reseptor TLR-2 dan TLR-4 menunjukkan energi bebas Gibbs yang bernilai negatif, menunjukkan afinitas pengikatan yang baik. Studi dinamika molekular, konstruk plasmid, in vivo, dan in vitro lebih lanjut perlu dilaksanakan untuk memvalidasi konstruk vaksin.