Perpustakaan Digital ITB

Acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) telah mengakibatkan kematian massal pada udang paneid budidaya. Melalui penelitian di laboratorium, agen penyebab AHPND adalah strain virulen Vibrio parahaemolyticus. Strain virulen V. parahaemolyticus penyebab AHPND membawa plasmid yang mengodekan toksin biner photorhabdus insect-related A (PirAvp) dan B (PirBvp). Senyawa-senyawa seperti 6-gingerol, 6-shogaol, 8-gingerol serta eckol diketahui memiliki efek antibakteri V. parahaemolyticus. Pada penelitian ini, dilakukan analisis potensi senyawa 6-gingerol, 6-shogaol, 8-gingerol dan eckol dalam menghambat dimerisasi dengan menarget situs pengikatan PirAvp di PirBvp melalui penambatan dan dinamika molekular. Sebelum dilakukan penambatan, dilakukan karakterisasi farmakokinetik berupa parameter druglikeness dan kelarutan senyawa dengan bantuan web server ADMETlab. Penambatan molekular senyawa dilakukan dengan program AutoDock-Vina 1.1.2 dan dianalisis interaksinya dengan program BioVia Discorvery Studio. Hasil penambatan molekular kemudian disimulasikan dengan program NAMD 2.14 dan VMD 1.9.3. Kalkulasi energi bebas pengikatan standar (?G?bind) dilakukan dengan program BFEE dan VMD 1.9.3. Hasil penambatan molekular menunjukkan 6-gingerol, 6-shogaol, 8-gingerol dan eckol memiliki afinitas berturut-turut -6,7, -7,0, -6,5 dan -8,3 kcal/mol dengan pose pengikatan yang berbeda-beda. Hasil dinamika molekular menunjukkan bahwa senyawa 6-gingerol memiliki stabilitas paling baik ditinjau dari perubahan struktur, perubahan ikatan hidrogen, fluktuasi residu serta perubahan jarak dan area antarmuka dengan PirBvp. Kalkulasi energi bebas pengikatan standar (?G?bind) 6-gingerol, 6- shogaol, 8-gingerol dan eckol menghasilkan nilai masing-masing sebesar -6,23, -5,24, -5,05 dan -6,07.kcal/mol. Kesimpulannya, keempat senyawa berpotensi menjadi agen penghambat dimerisasi toksin PirABvp, namun kandidat senyawa terbaik adalah 6- gingerol.