ABSTRAK Kristian Oryza
PUBLIC Alice Diniarti
COVER Kristian Oryza
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 1 Kristian Oryza
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 2 Kristian Oryza
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 3 Kristian Oryza
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 4 Kristian Oryza
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 5 Kristian Oryza
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
PUSTAKA Kristian Oryza
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
SARS-CoV 2 merupakan virus penyebab pandemi COVID-19 yang menyerang saluran
pernapasan dengan gejala seperti pneumonia. SARS-CoV 2 memiliki materi genetik RNA yang
mengkodekan 4 protein stuktural, 16 non-struktural protein, dan 6 protein aksesoris. Saat ini
vaksin yang dikembangkan mayoritas menargetkan pembentukan respon imun terhadap
protein struktural, terutama protein Spike (S). Namun, laju mutasi yang cepat membuat SARSCoV
2 mengalami perubahan patogenesis dan pola penyebaran serta faktor perbedaan
prevalensi Human Leukocyte Antigen (HLA) mempengaruhi efektivitas dari vaksin. Oleh
karena itu, diperlukan adanya vaksin yang dapat menginduksi respon imun multi-target
terhadap protein lain secara bersamaan terutama respon imun sel T sesuai dengan prevalensi
populasi HLA di Indonesia. Tujuan penelitian ini melakukan pendekatan imunoinformatik
terhadap protein Spike (S) serta non struktural dari poliprotein ORF1ab dan protein aksesoris
ORF3a yang diketahui merupakan protein selain protein struktural yang berperan penting
dalam respon imunitas terhadap SARS-CoV 2, untuk mencari epitop lestari yang menjadi
kandidat target dan melakukan konstruksi vaksin multi-epitope. Studi dilakukan dengan
membandingkan similaritas mengunakan ClustalW antara sekuens SARS-CoV 2 isolat
Indonesia dengan sekuens referensi. Kemudian kandidat epitope CTL dan HTL ditentukan
dengan menggunakan NetCTLpan 1.1 dan NetMHCIIpan 4.0 secara berurutan. Epitop terpilih
digabungkan ke dalam satu konstruksi protein dengan linker GPGPG dan EAAAK terhadap
adjuvant sintetik protein human beta defensin – 2. Pemodelan 3D terhadap konstuksi vaksin
dilakukan dengan trRosetta kemudian dilakukan analisis molecular docking menggunakan
Haddock 2.4 dan CABS-dock untuk epitope terhadap MHC. Berdasarkan hasil penelitian,
sekuen referensi memiliki indeks similaritas 99% yang mewakili 1117 isolat SARS-CoV 2
yang ada di Indonesia. Ditemukan 6 kandidat epitope CTL dan 10 kandidat epitope HTL dari
ketiga protein target yang bersifat imunogenik, non-toksik, non-alergenik, lestari (>99%), dan
memiliki cakupan HLA yang luas (> 3 HLA). Molecular docking terhadap kandidat epitope
diperoleh afinitas pengikatan bernilai fluktuatif dengan rata – rata -10.65 kcal mol-1 dan -12.2
kcal mol-1 yang sebanding dengan ligand kontrol -10.8 kcal mol-1 dan -9.7 kcal mol-1 untuk
MHC I dan MHC II secara berurutan. Struktur vaksin konstruksi tidak memiliki helix
transmembran, MolProbity Score 97th, Z-score ProSA -6.54, dan kualitas model lokal yang
baik (bernilai negatif). Molekular docking konstruksi vaksin dengan reseptor CCR2 isoform B
memiliki afinitas pengikatan -14.4 kcal mol-1 yang lebih besar dari pengikatan ligand
orthosterik (-9.8 kcal mol-1). Analisis terhadap interaksi antara model vaksin dan CCR2 B
tidak ditemukan adanya residu hotspot namun ditemukan ada 16 ikatan hidrogren yang
terbentuk dan melibatkan residu N-terminal dari CCR2 B yang terlibat dalam pengikatan
ligand. Secara keseluruhan hasil konstruksi vaksin multi-epitop berpotensi untuk menjadi
kandidat vaksin SARS-CoV 2 terhadap respon imun sel T.