Perpustakaan Digital ITB

Proses protein folding bertujuan untuk memprediksi struktur native protein dari suatu susunan asam amino. Protein folding dapat dimodelkan sebagai sebuah masalah optimasi matematis, salah satunya dengan mentransformasikan struktur dan properti fisis susunan asam amino menjadi lattice model. Pada penelitian ini, algoritma optimasi differential evolution digunakan untuk melakukan optimasi terhadap fungsi objektif protein dengan target titik optimal global tunggal. Pada rumusan fungsi objektif protein secara multimodal, digunakan gabungan algoritma clustering dan differential evolution. Simulasi optimasi terhadap sekuens asam amino dengan panjang 20 (UM20) berhasil mendapatkan titik global optimal baik secara target global tunggal maupun multimodal. Analisis terhadap struktur konformasi protein yang terbentuk pada proses optimasi dilakukan khususnya untuk kasus multimodal. Pada kasus multimodal ditemukan bahwa jika terdapat banyak titik global optimal dengan nilai vektor hasil optimasi yang berbeda, konformasi struktur protein pada titik-titik tersebut adalah sama, yang artinya suatu sekuens hanya memiliki satu konformasi stabil.