Penelitian ini menggunakan metodologi yang terdiri dari tiga tahapan utama: pengumpulan data, pengolahan data, dan pemodelan numerik. Pengumpulan data melibatkan data primer dan sekunder dari berbagai sumber seperti ECMWF (angin), laporan terdahulu dan pengukuran (pasang surut), FAO (jenis tanah), MAPBIOMAS (tutupan lahan), DEMNAS dan BATNAS (terrain), BMKG dan satelit GPM (hidrologi dan iklim), KLHK (debit), serta sampel lapangan dan laporan (sedimen). Pengolahan data kemudian dilakukan untuk mendapatkan parameter masukan model, meliputi hindcasting gelombang, peramalan pasang surut, pemodelan erosi lahan menggunakan USLE, serta pengolahan debit dan sedimen. Tahap akhir adalah pemodelan numerik menggunakan Delft3D, dengan kondisi batas yang telah ditentukan sebelumnya dan mengacu pada standar seperti Coastal Engineering Manual dan SPM.