Penelitian ini menggunakan metode yang dibagi menjadi tahap lapangan dan laboratorium. Tahap pendahuluan mempelajari karakteristik batuan sedimen bawah laut Selat Sunda berdasarkan penelitian sebelumnya (Setiawan, dkk., 2015; Xu, dkk., 2017), meliputi analisis besar butir, LOI, mineralogi, dan XRF. Pengambilan sampel dilakukan oleh tim Benthic Cruise menggunakan gravity core dari kapal survei Geomarin III di kedalaman 1.565 m, menghasilkan inti batuan sepanjang 273 cm (sampel BS05).
Analisis foraminifera dilakukan di laboratorium mikropaleontologi ITB untuk mengetahui perubahan kondisi ekologi. Sampel dipreparasi dengan penimbangan (10g), pembersihan dengan air (swirling), penyaringan (63µm & 250-315µm), dan pengeringan. Determinasi spesies dilakukan dengan mikroskop trinokuler, mengacu pada Bolli dkk. (1985) untuk planktonik dan Loeblich & Tappan (1988) untuk bentonik. Jumlah individu diupayakan mencapai 300 per sampel, dengan normalisasi menggunakan persamaan yang mempertimbangkan jumlah split dan berat sampel.
Data normalisasi dianalisis menggunakan PAST untuk menghitung indeks diversitas Shannon-Wiener (H), kemerataan (E), dan dominansi (D). Indeks H menunjukkan keanekaragaman (rendah: 0-2, sedang: 2-4, tinggi: >4). Indeks E mengukur kemerataan kelimpahan spesies (0,4=kecil, 0,4-0,6=sedang, 0,6-1,0=tinggi). Indeks D menentukan dominansi spesies (0-0,3=rendah, 0,31-0,60=sedang, 0,61-1,0=tinggi).
Analisis cluster (single linkage, Euclidean distance) dilakukan untuk mengetahui pengelompokan objek berdasarkan similaritas komunitas. Dendrogram menunjukkan hubungan kesamaan struktur komunitas antar kedalaman, mengindikasikan perbedaan kondisi lingkungan masa lampau.
Rasio P/B (planktonik/bentonik) dihitung untuk klasifikasi paleobatimetri, menggunakan klasifikasi Grimsdale & van Morkhoven (1955). Klasifikasi tersebut membagi lingkungan batimetri berdasarkan persentase foraminifera planktonik.
Parameter ekologi lain ditentukan menggunakan single fauna method (kelimpahan *Globigerina bulloides* untuk intensitas upwelling), two or more species (kelimpahan relatif *Pulleniatina obliquiloculata* dan *P. finalis* untuk paleoproduktivitas relatif), rasio thermocline dweller/mixed layer dweller (kedalaman termoklin), dan whole fauna method (rasio fauna tropis/subtropis untuk suhu permukaan laut relatif – SPL relatif).