Penelitian ini menggunakan data primer (sampel sedimen: gradasi butiran, konsentrasi sedimen layang, debit saat pengambilan sampel) dan data sekunder (curah hujan harian 10 tahun dari 4 stasiun, debit harian 10 tahun, geometri sungai dari review desain 2022, DEM DAS Tondano dari BIG, data pasang surut 2021, peta SHP DAS dan tutupan lahan dari BIG, serta dokumen pola SDA). Metodologi penelitian meliputi analisis hidrologi, analisis pasang surut, dan analisis sedimentasi. Analisis hidrologi bertujuan mendapatkan debit banjir rencana kala ulang sebagai input pemodelan sedimentasi. Langkahnya meliputi delineasi DAS dengan ArcGIS, pengujian outlier dan konsistensi data curah hujan, perhitungan curah hujan wilayah dengan metode Thiessen, analisis distribusi frekuensi (Normal, Log Normal, Log Pearson III, Gumbel) sesuai SNI 2415:2016, pengujian kesesuaian data dengan Chi-square dan Smirnov-Kolmogorov, perhitungan infiltrasi, analisis distribusi hujan jam-jaman (durasi 6 jam), dan perhitungan debit banjir rencana menggunakan hidrograf satuan sintetis (SCS dan Snyder) dibandingkan dengan hasil HEC-HMS 4.8. Analisis pasang surut menggunakan data 2021 untuk peramalan dengan metode least square, mendapatkan konstanta harmonik utama (M2, S2, N2, K2, K1, O1, P1, M4, MS4) serta parameter pasang surut (amplitudo, periode, fase) dan Formzahl number (F) untuk klasifikasi tipe pasang surut. Hasilnya digunakan untuk peramalan periode waktu yang ditentukan (1, 6, dan 10 tahun) dan nilai pasang surut tertinggi untuk pemodelan perubahan dasar sungai pada kondisi banjir kala ulang 5 dan 25 tahun. Analisis sedimentasi menggunakan HEC-RAS untuk mengetahui perubahan elevasi dasar sungai akibat erosi dan sedimentasi dengan simulasi quasi unsteady flow. Input meliputi data debit harian model Sacramento, data kemiringan sungai sebagai batasan hilir, data geometri sungai 2016, data gradasi sedimen dasar (persamaan Meyer-Peter Muller), dan rating curve sedimen layang. Output berupa profil perubahan elevasi dasar dalam jangka waktu tertentu. Tahapan termasuk input data geometri, data quasi unsteady (debit harian 10 tahun, data pasang surut), data sedimen (gradasi sedimen dasar, boundary condition hulu rating curve sedimen melayang), simulasi (1, 6, dan 10 tahun), dan kalibrasi dengan pengukuran mutual check awal 2022.