Penelitian ini menggunakan data temperatur air laut, konsentrasi nutrien (nitrat), konsentrasi klorofil (sebagai biomassa fitoplankton), dan kelimpahan zooplankton sebagai input dalam simulasi model NPZ. Data temperatur air laut dan nutrien diperoleh dari World Ocean Atlas (WOA), data klorofil dari satelit SeaWiFS, dan data zooplankton dari ekspedisi TIMIT. Data-data ini diinterpolasi dan diolah untuk mendapatkan nilai di setiap stasiun penelitian di sepanjang Selat Makassar hingga Selat Lombok. Verifikasi model dilakukan dengan membandingkan data pelayaran TIMIT dengan data klimatologis WOA dan SeaWiFS, mencakup temperatur air laut, mixed layer depth (MLD), konsentrasi nitrat, dan fitoplankton secara spasial dan temporal. Metodologi yang digunakan mencakup estimasi MLD berdasarkan data temperatur, estimasi laju perubahan MLD, normalisasi data nitrat, fitoplankton, dan zooplankton, serta simulasi model NPZ dengan mempertimbangkan faktor-faktor seperti panjang hari, temperatur, dan parameter-parameter biologis lainnya.
