Selat Makassar, sebagai penghubung Laut Sulawesi dan Laut Jawa, memiliki dinamika perairan yang kompleks dipengaruhi oleh Arus Monsun Indonesia (Armondo) dan Arus Lintas Indonesia (Arlindo). Armondo bergerak mengikuti musim, dari Laut Cina Selatan ke Laut Jawa saat musim barat (Desember-Mei), dan sebaliknya saat musim timur (Juni-November). Sementara itu, Arlindo mengalir dari Samudra Pasifik ke Samudra Hindia melalui Selat Makassar, dipengaruhi oleh perbedaan tinggi muka laut dan topografi dasar perairan. Perbedaan densitas dan upwelling juga mempengaruhi distribusi massa air. Kondisi ini berdampak pada kedalaman lapisan percampuran (MLD), yang memengaruhi ketersediaan cahaya dan nutrien bagi fitoplankton, komponen penting dalam produktivitas primer ekosistem. Interaksi antara fitoplankton dan zooplankton dalam rantai makanan, serta pengaruh nutrien seperti nitrogen, turut membentuk dinamika ekosistem di Selat Makassar, yang dapat dianalisis dengan model NPZ (Nutrien-Fitoplankton-Zooplankton).