STUDI KOMPARASI METODE DE NOVO ASSEMBLY PADA PERFORMA BIN RECOVERY SAMPEL SHOTGUN METAGENOMIC SEQUENCING BAKTERI LAUT DALAM SKRIPSI SARJANA PROGRAM STUDI BIOLOGI Disusun oleh Alfito Oscar Rachmatsyah 10620058 PROGRAM STUDI BIOLOGI SEKOLAH ILMU DAN TEKNOLOGI HAYATI INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG 2024 ii KATA PENGANTAR Puji syukur kepada Allah SWT karena atas berkat dan rahmat-Nya, penulis dapat menyelesaikan skripsi ini yang berjudul “Studi Komparasi Metode De Novo Assembly pada Performa Bin Revovery Sampel Shotgun Metagenomic Sequencing Bakteri Laut dalam”. Laporan skripsi ini disusun sebagai syarat untuk menamatkan studi pada Program Studi Biologi Institut Teknologi Bandung. Selain itu, penelitian ini diharapkan dapat memberikan kontribusi dan manfaat bagi grup riset Deep Sea ITB sebagai referensi pada pengolahan sampel hasil ekspedisi laut dalam di masa yang akan datang. Penulis berterima kasih kepada pihak-pihak yang telah membantu dalam penyusunan karya ini, yaitu kepada: 1. Nur Alamsyah, S.H., M.Pd.I dan Dra. Nikmatus Saidah, M.Pd.I selaku ayah dan ibu penulis yang telah mendukung dan menunjang seluruh aspek perkuliahan penulis hingga di tahap penyusunan tugas akhir ini baik dari segi moral maupun material. 2. Prof. Fenny Martha Dwivanny, S.Si., M.Si., Ph.D dan Husna Nugrahapraja, S.Si., M.Si., Ph.D sebagai dosen pembimbing serta pimpinan dan civitas tim Deep Sea ITB yang telah memberikan arahan konseptual dan bimbingan teknis serta memfasilitasi berbagai kebutuhan penelitian tugas akhir penulis. 3. Ray Steven, S.Si., M.Si. sebagai research assistant tim Deep Sea ITB yang telah mengenalkan, mengarahkan, dan memberikan masukan kepada penulis dalam pelaksanaan tugas akhir serta menambah wawasan penulis terkait dunia riset bioinformatika secara komprehensif. 4. Dzakwanil Hakim dan Qorni Tarbiyyati Robbani sebagai rekan diskusi penulis di Tim HN yang telah membantu memberikan masukan terkait aspek teknis penelitian in silico. 5. Haekal Buana Suharya dan Evelyn Caroline sebagai rekan penulis di Tim FMD yang telah membantu memperkaya wawasan penulis terkait riset multiomics laut dalam. iii 6. Teman-teman Biologi ITB 2020, Angkah Widyaiswara yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu yang selalu bersama dalam melewati masa- masa perkuliahan di ITB. 7. Bapak dan Ibu Dosen Program Studi Biologi SITH ITB atas ilmu yang sangat bermanfaat bagi penulis selama menempuh pendidikan sebagai mahasiswa sarjana di Program Studi Biologi 8. Hilyatul Aulia Nabilasafa yang selalu membersamai, mendukung, dan mencerahkan keseharian penulis mulai dari sebelum perkuliahan hingga pelaksanaan tugas akhir ini. 9. Rekan seperjuangan penulis satu almamater, Efrossia ITB: Aurick, Aisha, dan Hafiz. 10. Anggota grup SUKSES SBMPTN 2020: Hafiz, Rian, Aisha, dan Wintang yang telah banyak membantu penulis dalam proses persiapan seleksi masuk PTN. 11. Seluruh pihak yang terlibat secara langsung atuapun tidak langsung yang membantu penulis dalam menyelesaikan masa studi di Institut Teknologi Bandung. Penulis menyadari bahwa skripsi ini memiliki kekurangan. Oleh sebab itu itu, kritik dan saran yang membangun sangat diharapkan demi perbaikan sehingga penelitian ini dapat memberikan manfaat baik bagi masyarakat maupun untuk penelitian berikutnya. Bandung, 4 Agustus 2024 Alfito Oscar Rachmatsyah iv ABSTRAK Shotgun metagenomic sequencing merupakan metode analisis metagenom berbasis short reads yang memiliki keunggulan pada coverage dan depth sampel yang baik namun fragmen nukleotida yang terlalu terfraksinasi pada metode ini menyebabkan limitasi pada identifikasi sekuens kompleks yang repetitif.