Path: TopS2-ThesesBiology-SITH1998

Analisis Urutan Nukleotida 0,3 Kb Gen ND2 dan Gen COI

DNA Mitokondria (MtDNA) Manusia Indonesia

Master Theses from JBPTITBPP / 2017-09-27 15:33:57
Oleh : I Wayan Suama, S2 - Biology (Adi@bi.itb.ac.id)
Dibuat : 2001-04-30, dengan 1 file

Keyword : Urutan nukleotida, DNA mitokondria, Manusia, ND2, COI, Homologi Sekuens, Substitusi nukleotida

Organisasi genom mtDNA manusia sangat sederhana (16.569 kb yang tersusun dalam 37 gen) dan memiliki keunikan tersendiri yang salah satunya ditunjukkan dengan tingkat polimorfisme yang tinggi. Berkaitan dengan hal tersebut, telah dilakukan penelitian mengenai analisis urutan nukleotida mtDNA manusia Indonesia normal khususnya pada posisi nukleotida 5.042-5.341 (0,3 kb gen ND2) dan posisi nukleotida 6.085-6.384 (0,3 kb gen COI) sebagai bagian dari penelitian hibah tim proyek URGE tentang “Normal Variant Data Base of the Indonesian Human Mitochondrial DNA and Translational Products” oleh Noer et al., (1999/2000). Permasalahan utama pada penelitian ini difokuskan pada bagaimanakah urutan nukleotida mtDNA manusia Indonesia normal khususnya pada posisi nukleotida 5.042-5.341 dan posisi nukleotida 6.085-6.384 bila dibandingkan dengan urutan nukleotida dari “Cambridge sequence” sebagai rujukan standar. Metode yang dikembangkan adalah melalui teknik lisis sel epitel rongga mulut tanpa melakukan isolasi mtDNA. Amplifikasi templat mtDNA dilakukan melalui PCR dengan menggunakan sepasang primer X1 dan X2 yang diikuti dengan aplikasi kloning ke dalam sel E.coli JM109 melalui vektor pGEM-T dan sekuensing dengan metode “dye terminator labeling”. Total basa hasil sekuensing dari 1,3 kb panjang fragmen PCR yang telah diklon adalah 600 basa untuk masing-masing sampel dari 9 sampel manusia Indonesia normal. Analisis hasil dilakukan dengan cara homologi melalui teknik “pairwise alignment sequence” dengan bantuan program komputer. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa ada 11 substitusi nukleotida varian normal pada 10 posisi nukleotida polimorfik dibandingkan terhadap “Cambridge sequence”. Keseluruhan substitusi nukleotida varian normal tersebut merupakan varian baru yang belum pernah dipublikasikan oleh peneliti lain. 5 dari 11 substitusi nukleotida varian normal tersebut tergolong substitusi transisi dan 6 substitusi nukleotida varian normal yang lainnya tergolong substitusi transversi. Semua substitusi transversi plus 1 dari 5 substitusi transisi, tergolong substitusi “nonsynonymous” dan 4 substitusi transisi lainnya tergolong substitusi “synonymous” atau substitusi “silent”. Perkiraan rata-rata nilai “divergence” urutan nukleotida 0,3 kb gen ND2 dan 0,3 kb gen COI mtDNA manusia Indonesia normal masing-masing adalah sebesar 0,11% dan 0,73% lebih kecil dibandingkan terhadap perkiraan nilai “divergence” pada daerah D-loop mtDNA manusia Indonesia normal (Gaffar, 1998).

Deskripsi Alternatif :

Organisasi genom mtDNA manusia sangat sederhana (16.569 kb yang tersusun dalam 37 gen) dan memiliki keunikan tersendiri yang salah satunya ditunjukkan dengan tingkat polimorfisme yang tinggi. Berkaitan dengan hal tersebut, telah dilakukan penelitian mengenai analisis urutan nukleotida mtDNA manusia Indonesia normal khususnya pada posisi nukleotida 5.042-5.341 (0,3 kb gen ND2) dan posisi nukleotida 6.085-6.384 (0,3 kb gen COI) sebagai bagian dari penelitian hibah tim proyek URGE tentang “Normal Variant Data Base of the Indonesian Human Mitochondrial DNA and Translational Products” oleh Noer et al., (1999/2000). Permasalahan utama pada penelitian ini difokuskan pada bagaimanakah urutan nukleotida mtDNA manusia Indonesia normal khususnya pada posisi nukleotida 5.042-5.341 dan posisi nukleotida 6.085-6.384 bila dibandingkan dengan urutan nukleotida dari “Cambridge sequence” sebagai rujukan standar. Metode yang dikembangkan adalah melalui teknik lisis sel epitel rongga mulut tanpa melakukan isolasi mtDNA. Amplifikasi templat mtDNA dilakukan melalui PCR dengan menggunakan sepasang primer X1 dan X2 yang diikuti dengan aplikasi kloning ke dalam sel E.coli JM109 melalui vektor pGEM-T dan sekuensing dengan metode “dye terminator labeling”. Total basa hasil sekuensing dari 1,3 kb panjang fragmen PCR yang telah diklon adalah 600 basa untuk masing-masing sampel dari 9 sampel manusia Indonesia normal. Analisis hasil dilakukan dengan cara homologi melalui teknik “pairwise alignment sequence” dengan bantuan program komputer. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa ada 11 substitusi nukleotida varian normal pada 10 posisi nukleotida polimorfik dibandingkan terhadap “Cambridge sequence”. Keseluruhan substitusi nukleotida varian normal tersebut merupakan varian baru yang belum pernah dipublikasikan oleh peneliti lain. 5 dari 11 substitusi nukleotida varian normal tersebut tergolong substitusi transisi dan 6 substitusi nukleotida varian normal yang lainnya tergolong substitusi transversi. Semua substitusi transversi plus 1 dari 5 substitusi transisi, tergolong substitusi “nonsynonymous” dan 4 substitusi transisi lainnya tergolong substitusi “synonymous” atau substitusi “silent”. Perkiraan rata-rata nilai “divergence” urutan nukleotida 0,3 kb gen ND2 dan 0,3 kb gen COI mtDNA manusia Indonesia normal masing-masing adalah sebesar 0,11% dan 0,73% lebih kecil dibandingkan terhadap perkiraan nilai “divergence” pada daerah D-loop mtDNA manusia Indonesia normal (Gaffar, 1998).

Beri Komentar ?#(0) | Bookmark

PropertiNilai Properti
ID PublisherJBPTITBPP
OrganisasiS
Nama KontakUPT Perpustakaan ITB
AlamatJl. Ganesha 10
KotaBandung
DaerahJawa Barat
NegaraIndonesia
Telepon62-22-2509118, 2500089
Fax62-22-2500089
E-mail Administratordigilib@lib.itb.ac.id
E-mail CKOinfo@lib.itb.ac.id

Print ...

Kontributor...

  • , Editor:

File PDF...