Path: Top > S3-Dissertations > Pharmacy-SF > 2017

PREVALENSI RESISTENSI ESCHERICHIA COLI TERHADAP SEFTRIAKSON DAN PROFIL GEN BETA LAKTAMASE PADA SUATU RUMAH SAKIT DI BANDUNG

PhD Theses from JBPTITBPP / 2018-02-01 10:50:21
Oleh : PRATIWI WIKANINGTYAS (NIM: 30712008), S3 - Pharmacy-SF
Dibuat : 2017-10-05, dengan 1 file

Keyword : beta laktamase, Escherichia coli, resisten, seftriakson

Resistensi bakteri terhadap antibiotik mencapai titik kritis di seluruh dunia dan



diprediksikan angka kematian akibat resistensi bakteri akan meningkat pada tahuntahun



mendatang. Escherichia coli dilaporkan sebagai bakteri penginfeksi tertinggi



dengan tingkat resistensi tertinggi terhadap sejumlah antibiotik sehingga



berdampak pada peningkatan morbiditas, mortalitas serta biaya pengobatan.



Seftriakson merupakan antibiotik yang paling banyak diresepkan pada pasien yang



terinfeksi E. coli baik sebagai terapi empirik maupun definitif.



Penelitian ini dilakukan dalam rangka mendukung program yang dicanangkan oleh



World Health Organization terkait pengendalian resistensi terhadap antibiotik



yaitu dengan melakukan pemetaan pola resistensi bakteri secara berkala serta



melakukan pemeriksaan pada tingkat gen untuk mengidentifikasi penyebab



resistensi bakteri. Gen blaSHV, blaCTX-M, blaTEM, dan blaCMY merupakan gen yang



paling banyak ditemukan pada pasien yang terinfeksi E. coli dari beberapa negara



sehingga deteksi awal keempat gen tersebut merupakan langkah penting dalam



mengendalikan infeksi, mencegah penyebaran dan pemilihan terapi antibiotik yang



tepat.



Rangkaian tahap penelitian ini diawali dengan melakukan studi pendahuluan yang



dilakukan pada lima rumah sakit untuk memetakan jenis bakteri resisten tertinggi



yang menginfeksi pasien dan pola penggunaan antibiotik oleh pasien tersebut



selama tahun 2012. Selanjutnya terpilih tiga rumah sakit berdasarkan pola bakteri



dan pola penggunaan antibiotik yang mirip. Tiga rumah sakit tersebut menjadi



fokus pada tahap kedua penelitian ini. Pada tahap kedua dilakukan pengumpulan



data pola resistensi bakteri terhadap jenis antibiotik paling banyak dikonsumsi



yang diperoleh dari tahap satu yaitu seftriakson, pengumpulan data demografi



pasien dan data penggunaan antibiotik pada pasien yang terinfeksi bakteri resisten



terhadap seftriakson secara retrospektif (2012) dan konkuren (2013) pada tiga



rumah sakit. Tahap ketiga adalah mendeteksi keberadaan dan persebaran gen beta



laktamase yang menjadi mekanisme utama resistensi terhadap antibiotik beta



laktam. Gen yang ingin dideteksi yaitu blaSHV, blaCTX-M, blaTEM, dan blaCMY. Isolat



yang digunakan berasal dari berbagai spesimen biologis pasien yaitu urin, feses,



darah, sputum dan cairan tubuh lainnya. Jumlah isolat ditentukan berdasarkan



rumus Slovin. Deteksi gen diawali dengan penyiapan isolat dalam media selektif



yang mengandung seftriakson. Selanjutnya dilakukan skrining awal beta laktamase



menggunakan stik nitrosefin. Isolat dengan nitrosefin positif diamplifikasi



ii



menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Sebelum memulai PCR,



dilakukan beberapa tahap persiapan yaitu mendesain primer serta melakukan



optimasi suhu penempelan primer. PCR dilakukan menggunakan suhu penempelan



optimum untuk masing-masing primer. Untuk memastikan produk PCR, dilakukan



konfirmasi menggunakan dua isolat untuk tiap gen dengan menentukan urutan



nukleotidanya dengan alat penentuan urutan nukleotida otomatis. Setelah



terkonfirmasi, dilanjutkan PCR untuk semua isolat yang diperoleh.



Berdasarkan studi pendahuluan, E. coli merupakan bakteri penginfeksi yang



dominan ditemukan dari tiga rumah sakit terpilih dengan prevalensi resisten



tertinggi terhadap seftriakson sebesar 24-39% pada tahun 2012 dan sebesar 27-



38% pada tahun 2013. Spesimen pasien yang terinfeksi E. coli bervariasi dari tiga



rumah sakit yaitu masing-masing terbanyak pada spesimen urin, sputum dan feses.



Antibiotik yang paling banyak digunakan oleh pasien yang terinfeksi E. coli



resisten seftriakson adalah golongan sefalosporin yaitu sebesar 40-42% tahun 2012



dan 2013 yang diperoleh dari dua rumah sakit. Seftriakson merupakan jenis



sefalosporin yang paling banyak diresepkan dan digunakan yaitu sebesar 25-27%



tahun 2012 dan 17-44% tahun 2013. Profil demografi pasien yang terinfeksi E.



coli dari dua rumah sakit menunjukkan bahwa E. coli dapat menginfeksi pasien



perempuan dan laki-laki dewasa dengan lama rawat terbanyak yaitu selama 4-9



hari, sedangkan luaran klinis terbanyak adalah dengan status perbaikan (69-90%).



Tidak diperoleh data penggunaan serta profil demografi pasien pada salah satu



rumah sakit karena keterbatasan untuk mengakses rekam medis.



Berdasarkan rumus Slovin diperoleh 246 isolat sebagai jumlah sampel minimal



yang digunakan pada tahap ketiga penelitian. Sebanyak 214 dari 246 isolat pasien



yang terinfeksi E. coli resisten seftriakson dinyatakan positif memproduksi beta



laktamase yang selanjutnya dilakukan amplifikasi menggunakan PCR untuk



mendeteksi gen blaSHV, blaCTX-M, blaTEM, dan blaCMY. Hasil konfirmasi produk



PCR terhadap dua isolat untuk tiap gen menunjukkan kesamaan >94% terhadap



masing-masing gen beta laktamase (bla) tersebut. Sebanyak 95 dari 214 isolat



yang diamplifikasi terdeteksi gen beta laktamase baik secara tunggal maupun



simultan dalam satu isolat. Dari 95 isolat yang terdeteksi, 91 isolat diantaranya



ditemukan dari satu rumah sakit yaitu rumah sakit A sehingga rumah sakit A



berkontribusi utama dalam penelitian deteksi gen bla ini. Adapun rincian gen bla



yang terdeteksi yaitu blaSHV sebanyak 2 isolat (2,1%); blaCTX-M sebanyak 66 isolat



(69,5%); blaTEM sebanyak 1 isolat (1,1%); blaCMY sebanyak 6 isolat (6,3%);



blaSHV dan blaCTX-M ditemukan pada 3 isolat (3,2%); blaCTX-M dan blaTEM



ditemukan pada 7 isolat (7,4%); blaCTX-M dan blaCMY ditemukan pada 6 isolat



(6,3%); blaTEM dan blaCMY ditemukan pada 1 isolat (1,1%); blaSHV, blaCTX-M, dan



blaTEM ditemukan pada 1 isolat, dan blaCTX-M; blaTEM dan blaCMY ditemukan pada



2 isolat (2,1%). Hal ini mengindikasikan bahwa pada penelitian ini ditemukan 95



dari 214 E. coli yang resisten terhadap seftriakson mengandung gen penyandi beta



laktamase dengan jenis terbanyak adalah gen blaCTX-M secara keseluruhan



sebanyak 85 isolat dengan rincian secara tunggal sebanyak 66 isolat (69,5%) dan



secara secara simultan dengan bla yang lain sebanyak 19 isolat (16,8%).

Deskripsi Alternatif :

Bacterial resistance has reached critical point worldwide and mortality due to



bacterial resistance is predicted to increase in the coming years. Escherichia coli



was reported as the most highly infectious bacteria and exhibits a high rate of



resistance to various antibiotics resulting in increased morbidity, mortality and



the cost of treatment. Ceftriaxone is the most widely prescribed antibiotics as both



empirical and definitive therapies to patients with E. coli.



The study was conducted to implement the antibiotic resistance stewardship



program initiated by World Health Organization by providing the bacteria



resistance pattern periodically and conducting the early test at the gene level to



identify the gene related to antibiotic resistance. Therefore, the early detection of



those genes is urgently needed to monitor the infection events, prevent the



spreading of bacterial resistance and to select the appropriate antibiotic to



improve the antibiotic use.



There were three steps used in this study. The design of study of all steps were as



follows: the first step was initiated with the preliminary study conducted at five



hospitals to provide the highest patients infected-bacterial resistance and the



antibiotic usage profile by those patients during 2012. Further three hospitals



became the research focus on the second steps which selected hospitals based on



the similar pattern of bacterial resistance and antibiotic usage. The second steps



was conducted at three hospitals in 2012 and 2013 used retrospective and



concurrent observational study respectively by data collection of resistance



pattern of the most antibiotic usage derived from first steps named ceftriaxone,



patient demography and the antibiotic usage profile. The third step determined



the beta lactam resistance mechanism through detection of beta lactamase genes



including blaSHV, blaCTX-M, blaTEM, and blaCMY which were suspected to be the



cause of ceftriaxone-resistant E. coli. The isolates derived from various biological



specimens of the patient such as urine, feces, blood, sputum ant the other body



fluid. The amount of isolates was determined by the Slovin formula. Gene



detection began with preparation of the isolates into selected media contained



ceftriaxone. The screening of beta lactamase was conducted using nitrocefine



stick test. Positive nitrocefine isolates were amplified using Polymerase Chain



Reaction (PCR) technique. The preparation should be conducted before starting



the PCR such as primer design and optimization annealing temperature. PCR was



performed by using the optimum annealing temperature for each primer. The PCR



iv



product was confirmed by two representative samples for each gene by



determining the nucleotide sequence using automatic nucleotide sequencing.



Since the confirmation, PCR was continued for all isolates obtained.



Based on the preliminary study, E. coli was found as the most prevalent



ceftriaxone-resistant bacteria at a range of 24-39% and 27-38% in 2012 and



2013, respectively. The source of clinical specimens of ceftriaxone-resistant E.



coli varied at the three hospitals. In each hospital the observed predominant



infected specimen were urine, sputum and feces, respectively. The most frequent



prescribed antibiotic was cephalosporine class (40-42% in 2012 and 2013) and



ceftriaxone was found as the most common prescribed among all cephalosporine



(25-27% and 17-44% in 2012 and 2013, respectively).The demographic profile of



the E. coli-infected patients from two hospitals showed that E. coli infected both



adult male and female with the predominant length of stay of 4-9 days, whereas



the most clinical outcome was improvement status (69-90%). There was no



demographic data found in one other hospital due to limited access of medical



records.



There were 246 isolates obtained from Slovin formula. A total of 214 from 246



isolates of ceftriaxone-resistant E. coli were confirmed to produce beta lactamase.



The isolates then tested by PCR to detect blaSHV, blaCTX-M, blaTEM, and blaCMY



genes. Furthermore, the result of confirmation of nucleotide sequence in 2



samples for each beta lactamase gene showed a similarity of >94% compared to



each beta lactamase gene. Of the 214 isolates, 95 isolates were detected to



produce beta lactamase either singly or simultaneously in one isolate. Of the



detected 95 isolates, 91 isolates obtained from one hospital (hospital A). This



hospital mainly contributed to bla detection study. The detail of detected bla



genes was as follows: blaSHV found in 2 isolates (2.1%); blaCTX-M found in 66



isolates (69.5%); blaTEM in 1 isolates (1.1%); blaCMY in 6 isolates (6.3%); blaSHV



and blaCTX-M in 3 isolates (3.2%); blaCTX-M and blaTEM in 7 isolates (7.4%);



blaCTX-M and blaCMY in 6 isolates (6.3%); blaTEM and blaCMY in 1 isolates (2.1%);



blaSHV, blaCTX-M, and blaTEM in 1 isolates (1.1%), and blaCTX-M; blaTEM and



blaCMY in 2 isolates (2.1%). This research findings showed 95/214 ceftriaxoneresistant



E. coli harbored beta lactamase encoding gene with blaCTX-M as the most



prevalent gene from 85 isolates as singly in 66 isolates (69.5%) and



simultaneously in 19 isolates (16.8%).

Copyrights : Copyright (c) 2001 by Perpustakaan Digital ITB. Verbatim copying and distribution of this entire article is permitted by author in any medium, provided this notice is preserved.

Beri Komentar ?#(0) | Bookmark

PropertiNilai Properti
ID PublisherJBPTITBPP
OrganisasiS
Nama KontakUPT Perpustakaan ITB
AlamatJl. Ganesha 10
KotaBandung
DaerahJawa Barat
NegaraIndonesia
Telepon62-22-2509118, 2500089
Fax62-22-2500089
E-mail Administratordigilib@lib.itb.ac.id
E-mail CKOinfo@lib.itb.ac.id

Print ...

Kontributor...

  • pembimbing : Prof. Dr. Elin Yulinah Sukandar ; Dr. Debbie Sofie Retnoningrum ; Prof. Dr. dr. Ida Parwati, SpPK(K), PhD, Editor: yana mulyana

File PDF...