Path: Top > S1-Final Project > Microbiology-SITH > 2018

PENGEMBANGAN METODE BERBASIS AMPLIFIKASI RNA ISOTERMAL UNTUK PEMANTAUAN TERAPI OBAT ANTIRETROVIRAL PADA PASIEN HIV DI INDONESIA

DEVELOPMENT OF ISOTHERMAL RNA-BASED AMPLIFICATION METHODS FOR ANTIRETROVIRAL THERAPY MONITORING IN HIV PATIENTS IN INDONESIA

Undergraduate Theses from JBPTITBPP / 2018-03-16 14:30:50
Oleh : NURUL IFFAT WIRUSANTI (nim : 10413032), S1 - Microbiology
Dibuat : 2018-03-16, dengan 1 file

Keyword : Amplifikasi isotermal, Human Immunodeficiency Virus, Recombinase Polymerase Amplification, Transcription Mediated Amplification

Pemantauan terapi antiretroviral pada pasien HIV sebagai upaya penanganan epidemi HIV di Indonesia masih terhambat oleh kebutuhan akan peralatan canggih untuk pemeriksaan viral load yang hanya tersedia di rumah sakit pusat. Salah satu alternatif solusi adalah dengan pengembangan kit diagnostik berbasis amplifikasi RNA yang bekerja pada kondisi isotermal. Keunggulan dari tes diagnostik tersebut adalah dapat diaplikasikan pada laboratorium kesehatan yang sederhana seperti pada layanan kesehatan primer (Puskesmas). Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendesain sistem amplifikasi isotermal yang dapat mendeteksi RNA HIV. Terdapat dua metode yang diujicobakan, yaitu metode Transcription Mediated Amplification (TMA) serta metode Reverse Transcription-Recombinase Polymerase Amplification (RT-RPA). Sensitivitas kedua metode ini dibandingkan terhadap metode Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) yang masih menjadi standar baku. Pada penelitian ini digunakan sampel RNA yang ditanskripsikan dari plasmid pET-HIVMRNAseH. RNA sintetik tersebut kemudian diencerkan secara serial sehingga didapatkan RNA dengan rentang konsentrasi antara 104 hingga109 kopi/ml. RNA target kemudian diujikan pada metode TMA, RT-RPA serta RT-PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa RT-PCR sebagai metode standar dapat mendeteksi seluruh konsentrsasi RNA, yaitu 104-109 kopi/ml. Sementara, metode TMA dan RT-RPA berhasil mendeteksi RNA namun pada konsentrasi RNA yang tinggi yaitu 108-109 kopi/ml pada TMA dan 108-109 kopi/ml pada RT-RPA. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa baik metoda TMA dan RT-RPA, keduanya dapat digunakan sebagai metode alternatif untuk mengkuantifikasi RNA HIV, namun dengan sensitivitas yang lebih rendah jika dibandingkan RT-PCR. Oleh karena itu, untuk mendapatkan hasil pengukuran yang lebih senitif lagi, perlu dilakukan optimasi terhadap kedua metode isotermal tersebut.

Deskripsi Alternatif :

Monitoring of antiretroviral therapy in HIV patients as an effort to manage HIV epidemic in Indonesia is still hampered by the need of sophisticated equipment for viral load testing which is only available at central hospitals. One alternative solution is to develop an RNA-based diagnostic kit that works on isothermal conditions. The advantage of this diagnostic kit is that it can be applied to point-of-care laboratory in primary healthcare services. The purpose of this study was to develop an isothermal amplification system that can detect HIV RNA. There were two methods tested, namely Transcription Mediated Amplification (TMA) method and Reverse Transcription-Recombinase Polymerase Amplification (RT-RPA) method. The sensitivity of these two methods was compared to the current standard method, Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). In this experiment, we used RNA samples that were transcribed from pET-HIVMRNAseH plasmids. This synthetic RNA was then diluted serially so we obtained RNA with concentration ranging from 104 to109 copies/ml. This target RNA was then tested on TMA, RT-RPA and RT-PCR methods. The results showed that RT-PCR as a standard method can detect all concentrations of RNA, ie 104-109 copies/ml. Meanwhile, TMA and RT-RPA methods can successfully detect RNA, however only with high RNA concentrations of 107-109 copies/ml in TMA and 108-109 copies/ml in RT-RPA. Thus, it is concluded that both TMA and RT-RPA methods can be used as an alternative method to quantify HIV RNA, however with lower sensitivity if compared to RT-PCR. Therefore, to obtain more sensitive measurement, optimization of these two isothermal methods is necessary.


Copyrights : Copyright (c) 2001 by Perpustakaan Digital ITB. Verbatim copying and distribution of this entire article is permitted by author in any medium, provided this notice is preserved.

Beri Komentar ?#(0) | Bookmark

PropertiNilai Properti
ID PublisherJBPTITBPP
OrganisasiS
Nama KontakUPT Perpustakaan ITB
AlamatJl. Ganesha 10
KotaBandung
DaerahJawa Barat
NegaraIndonesia
Telepon62-22-2509118, 2500089
Fax62-22-2500089
E-mail Administratordigilib@lib.itb.ac.id
E-mail CKOinfo@lib.itb.ac.id

Print ...

Kontributor...

  • Pembimbing :

    Dr. Ernawati Arifin Giri-Rachman.

    Dr. Azzania Fibriani., Editor: Alice Diniarti

File PDF...